利用雙向電泳(2D)和聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE)分離蛋白質混合物,收集目的蛋白質膠點和膠條,經膠內酶解后,利用質譜來確定樣品中的蛋白質組成,其基本原理是利用質譜儀得到二級質譜的離子峰分布來鑒定樣品中的肽段,進而鑒定蛋白種類。
通過液質聯用技術(LC-MS/MS)對IP、Co-IP、Pull-down等純化樣本中的蛋白混合物進行鑒定,可同時鑒定目的蛋白及其相互作用蛋白,從而構建與目的蛋白的蛋白質相互作用譜。
蛋白質組全譜鑒定是指蛋白質組分分析,是以完整的組織、血液或體液等復雜樣本為研究對象,
目的在于識別出樣品中盡可能多的肽段和蛋白質。基于質譜技術的全譜分析,
可為蛋白高通量的定量和修飾分析提供參考信息。
通過SDS-PAGE和液質聯用技術(LC-MS/MS)對IP所得蛋白上的修飾位點進行鑒定,可以對目前所有已知的修飾類型及一些特殊的小分子藥物在蛋白上的修飾位點進行鑒定。