是將重亞硫酸鹽處理方法和高通量測序平臺相結(jié)合,進行全基因組范圍內(nèi)精準(zhǔn)甲基化的研究方向。
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全基因組甲基化測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是將重亞硫酸鹽處理方法和高通量測序平臺相結(jié)合,進行全基因組范圍內(nèi)精準(zhǔn)甲基化的研究方向。該方法能夠廣泛應(yīng)用于細(xì)胞分化、組織發(fā)育等基礎(chǔ)機制研究,以及動植物育種、人類健康與疾病等應(yīng)用性研究。
產(chǎn)品優(yōu)勢
◇ 檢測精度:單堿基分辨率,精確分析每一個C堿基的甲基化狀態(tài)。 |
◇ 高性價比:相對于傳統(tǒng)的PCR+Sanger測序方法,費用較低,節(jié)省時間和精力。 |
◇ 高效率:借助二代高通量測序平臺對全基因組5mC信息進行高效掃描。 |
樣本要求 |
DNA≥5 ug(濃度≥50 ng/uL),新鮮組織≥20 mg,全血(提取基因組DNA)≥1 mL,干血片≥10片(1 cm2面積),唾液≥3 mL,口腔拭子≥2根,新鮮培養(yǎng)細(xì)胞≥5×106個、FFPE(石蠟切片)≥10片(1 cm2面積,5-10 μm) |
測序策略 |
Illumina PE150,數(shù)據(jù)量:100 G raw data |
測序深度 |
≥30 X |
服務(wù)周期 |
30個工作日 |
案例一 延遲復(fù)制區(qū)域的低甲基化現(xiàn)象和有絲分裂的關(guān)系
發(fā)表雜志:Nature Genetics IF:27.125 發(fā)表年份:2018
本研究通過研究開發(fā)了一種簡單直接的計算方法來測定細(xì)胞的年齡,這項創(chuàng)造性性研究或能幫助研究人員針對癌癥和其它人類疾病開發(fā)出更加有效簡單的篩查和監(jiān)測方法。研究發(fā)現(xiàn),單獨存在的WCGW motif更容易發(fā)生部分甲基化(Partially Methylated Domains,PMD)。PMD在健康組織中也廣泛存在,PMD的低甲基化程度和年齡相關(guān),和細(xì)胞分裂次數(shù)相關(guān)。在癌組織中,PMD的低甲基化程度和體細(xì)胞突變的密度、細(xì)胞周期相關(guān)基因的表達、有絲分裂的次數(shù)相關(guān),因此可以作為細(xì)胞分裂分子鐘。PMD可以作為癌癥發(fā)生和細(xì)胞衰老的分子標(biāo)記。
圖1 Solo-WCGW CpGs容易發(fā)生低甲基化反應(yīng)
參考文獻
Zhou W, Dinh H Q, Ramjan Z, et al. DNA methylation loss in late-replicating domains is linked to mitotic cell division[J]. Nature genetics, 2018, 50(4): 591.