先將含脫硫生物素的DNA pulldown探針結合到鏈霉親和素Beads上，再將DNA-Beads和細胞裂解液孵育，這樣DNA結合蛋白便一起吸附在Beads上。洗滌掉未結合的蛋白后，再用洗脫液將DNA結合蛋白從Beads洗脫下來，得到DNA pull down產物。DNA-protein復合物既可以用WesternBlot檢測已知蛋白，也可以用質譜鑒定未知蛋白。

DNA pull-down技術服務應用背景

DNA pull-down以感興趣的DNA序列為中心，尋找與該序列結合的蛋白質，最常見的應用是尋找某特定基因啟動子區域的轉錄因子。

啟動子通常位于結構基因5'端上游，含有RNA聚合酶特異性結合和轉錄起始所需的保守序列。

轉錄因子也稱為反式作用因子，是一種DNA結合蛋白，它能夠與真核基因的順式作用元件（如啟動子、增強子等）特異性結合來激活或抑制基因表達。轉錄因子有4個主要結構域：DNA結合域決定了轉錄因子的特異性，轉錄調控域（包括激活域或抑制域）決定了轉錄因子的功能，寡聚化位點使不同轉錄因子間發生相互作用，核定位信號控制轉錄因子進入細胞核。

一個基因的啟動子通常會結合多種轉錄因子，尋找啟動子序列的特異轉錄因子，有助于我們理解這些啟動子下游的功能基因是如何被調控的。

鼻咽癌的已有研究指出，氯離子通道-3(CLC-3)是一種有應用前景的癌癥生物標志物；但是，CLC-3能否作為胃癌的預后生物標志物以及它在胃癌中的作用機制卻鮮有報道。

1 免疫組化實驗表明CLC-3在胃痦組織中高表達，且與患者不良預后有關

2 RNA-seq分析和細胞實驗發現敲除CLC-3抑制細胞增殖和遷移，且影響了PI3K/Akt信號通路的很多基因

3 雙熒光素酶實驗確定了CLC-3啟動子的活性區域

4 DNA pull down MS實驗找到了CLC-3啟動子活性區域的潛在結合蛋白XRCC5

5 體內DNA探針檢測和ChIP-PCR實驗都確定了XRCC5蛋白可以結臺CLC-3啟動子

6 免疫組化實驗表明XRCC5和CLC-3的表達呈正相關，且兩者高表達指示患者預后不良

7 基因表達/敲除和細胞功能實驗結果顯示CLC-3的表達和功能受XRCC5的調節

8 CoIP結合質譜實驗篩選到了XRCC5的互作蛋白PARP1，體內DNA探針檢測發現PARP1也可以與CLC-3啟動子結合，XRCC5和PARP1協同調控CLC-3的表達和功能

9 小鼠移植瘤實驗表明CLC-3在體內可也以被XRCC5調控，影響腫瘤生長

CLC-3過表達是胃癌不良預后的生物標志物，并且CLC-3可能通過PI3K/AKT信號通路調節細胞增殖和遷移。胃癌中CLC-3過表達的調控機制是：XRCC5結合CLC-3啟動子區并增加其啟動子活性，并且與PARP1相互作用在轉錄水平正調控CLC-3的表達。

Gu Z.Y. et al: Overexpression of CLC-3 is regulated by XRCC5 and is a poor prognostic biomarker for gastric cancer. Journal of Hematology & Oncology. 2018. (IF=17.388).