siRNA(小的干擾RNA)是在RNA干擾過程中人工體外合成的小片段RNA,由約20個堿基對組成,包括5個磷酸鹽,2個核苷和3個懸臂。siRNA 直接轉染可以方便地實現順時基因沉默...
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:專利的siRNA設計軟件
在培養的哺乳動物細胞中成功進行RNA干擾試驗取決于多種因素。設計和確認特異而有效的siRNA 位點,并將其高效地運送到預期的靶細胞是尤其重要的。為了簡化設計過程,Bioneer與韓國國家基因組信息中心合作研發了專利的siRNA 選擇淘汰系統----Turbo siRNA Designer。該系統能高效確認siRNA靶點,具有很高的成功率。Turbo siRNA Designer的性能評估是通過設計數百個siRNAs,經定量PCR 檢測其敲除率來實現的。與其他基于網絡的設計軟件相比,我們的軟件可以較高地預見到能夠進行有效基因敲除的功能性siRNA。值得注意的是:獲得較低評分的siRNAs 大多是無功能的,表明無效的siRNAs 可被Turbo siRNA Designer 有效淘汰(如下圖)。詳細資料請聯系ascn@bioneer.com 獲取。
圖1. 利用Turbo siRNA Designer 設計的siRNAs,通過Northern blot 和實時定量PCR 分析敲除率。A) 高評分siRNAs 的敲除率,B) 低評分siRNAs 的敲除率。(a: siRNA 進行15% 聚丙烯酰胺凝膠電泳;b: Northern blot 分析;c: 實時定量PCR 分析)