可提供的所有試劑盒都有小容量(SV)和大容量(LV)的不同規格,可根據要處理的樣品量決定。 本文描述了2種MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒及其方法的特征和性能。
材料和方法
新的試劑盒及方法是用人EDTA血漿、枸櫞酸鹽血漿、血清和全血以及培養細胞(K562和HeLa)作為樣品材料開發和測試的。
全血不需要經過預處理即可用于基因組DNA分離。 培養細胞小球在使用前要懸浮于PBS中。
在病毒核酸分離時,使用前在樣品中添加不同量的DNA病毒(巨細胞病毒、EB病毒、細小病毒B19)和RNA病毒(甲型肝炎病毒、甲型H1N1流感病毒)。然后用移液管將樣品移入MagNA Pure 96儀器上的MagNA Pure 96處理盒中。所有樣品至少以8倍復制進行試驗。 根據實驗需要,純化核酸的洗脫體積被設定為50μl、100μl或200μl。在LightCycler® 480儀器上采用吸光度(OD)測定、瓊脂糖凝膠電泳和/或參數特定的定量實時PCR和RT-PCR分析對洗脫液進行分析。采用15μl各自混合母液和5μl各自洗脫液建立擴增反應,運行45個循環。
結果和討論
一般特征
試劑盒的組成:排列在試劑盤中的預裝式試劑容器,便于加載;分開放置、含磁珠(MGP)懸液的瓶子(圖1)。試劑盤和瓶子都在運行前放入儀器抽屜中各自的位置。使用后容器可以方便地重新密封,并保存以待必要時進行后續的運行。MGP瓶具有特殊的瓶蓋,可以在儀器的針穿過后自動重新密封。所有組件在室溫下都能保持穩定。
MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸小容量規格用于從200μl全血,或從5×105個培養細胞中分離基因組DNA。 它還可以從200μl血漿、血清或全血中分離病毒DNA或RNA。試劑盒包括3個預裝式試劑容器,每個容器最多可進行192次反應(即每個試劑盒進行576次純化)。
MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒大容量規格用于從500μl或1000μl全血或從106個培養細胞中分離基因組DNA。 它能從500μl血漿、血清或全血,
或從1000μl血漿或血清中分離病毒DNA或RNA。試劑盒包括3個預裝式試劑 圖1:試劑盒組件。
容器, 每個容器最多可進行96次反應(500μl)或48次反應(1000μl)
(即每個試劑盒分別進行288或144次純化)。
如果需要的話,試劑盒可用于不同的優化方法,包括外部溶解方法可供選用,從而允許在MagNA Pure 96儀器外進行病毒滅活。對于所有方法,核酸從不同容量的樣品中都可以方便地洗脫,樣品的不同容量可以由用戶選擇。
基因組DNA
基因組DNA的分離及其后續分析顯示可重復性、產量、完整度和純度都很高。根據瓊脂糖凝膠分析,DNA片段平均顯著大于20 kb(圖2)。
圖2: 對血液中分離的
表1:典型的DNA產量和純度 | ||||
樣品類型 |
樣品量 |
DNA產量 (μg) |
DNA純度 (OD260/280) |
試劑盒類型 |
血 血 培養細胞 培養細胞 |
200 μl 500 μl 5 x 105 1 x 106 |
6.6 μg 16.5 μg 10.4 μg 22.0 μg |
1.9 2.0 2.0 2.0 |
SV LV SV LV |
病毒核酸
線性范圍
達到了純化病毒DNA和RNA的高產率。從較寬的濃度范圍分離病毒核酸是可能的(圖4)。
圖4: 線性范圍。 每份樣品中加樣濃度為10-106拷貝的Epstein-Barr病毒(EBV)DNA和甲型肝炎病毒RNA的分離。
內部質控和可重復性
MagNA Pure 96系統能在每次分離反應中都包括一次內部質控(IC)。 IC從機載IC管中自動移入每個孔中的溶解緩沖液中。在一次純化操作的所有96個孔中,采用稀釋的細小病毒B19質粒作為IC,陰性血清作為樣品材料來檢查該功能。 IC的分離具有很高的可重復性(圖5)。
圖5: 內部質控品。從所處理樣品盒的所
有96個孔中分離出的細小病毒B19內部質
控品的PCR分析。
交叉污染試驗
進行這些試驗是為了考查MagNA Pure 96儀器上可能孔間污染的程度。 細小病毒B19被選作這些試驗的敏感參數;檢測極限大約為每次PCR 2.5個拷貝。 然后以5×107拷貝/ml(=檢測極限以上106倍)向血漿加樣,用大容量方法(500μl樣品)和50μl洗脫體積在MagNA Pure 96儀器處理。
進行3次“棋盤式”運行(每次有48份陽性加樣血漿樣品和48份陰性未加樣血漿樣品排列成棋盤狀)。 在LightCycler® 480儀器上對洗脫液進行分析。 在這些條件下未發現交叉污染(圖6)。
圖6: 交叉污染試驗。48份陽性和48份陰性樣品排列成棋盤狀,經過處理,進行交叉污染分析。所有陰性樣品鑒定結果均為“陰性”,而所有陽性樣品和所有質控品都顯示了預期的信號。 該試驗重復了3次,均得到相同的結果。
產品 包裝大小 編號 MagNA Pure 96高通量全自動核酸分離純化系統 儀器、質控品、軟件、所有配件 3×96次純化 05 195 322 001 05 467 497 001 05 467 454 001 05 467 543 001 05 467 535 001
“血漿用”和“通用”方法
在方法優化期間發現,有些樣品材料(即:血清、全血和枸櫞酸鹽血漿)在與“標準”材料EDTA血漿不同的工作流程下能得到更好的結果。因此,在“血漿用操作方法”之外,還提供另一種“通用操作方法”,后者能使這些樣品類型得到更好的結果(達到5個交叉閾值)。 選用“通用操作方法”這個名稱是因為這些方法對于血清、全血和枸櫞酸鹽血漿,優于“血漿用操作方法”;而對于EDTA血漿,至少對所檢測的病毒(甲型肝炎病毒、甲型H1N1流感、EB病毒、巨細胞病毒)是與“血漿用操作方法”相等的。 由于結果可能隨個別實驗設備和所檢測參數的不同而變化,因此在儀器的方法菜單中提供不同的方法供選擇,使用戶能選擇對實際應用的最佳解決方案。
結論
新的MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒能從多種樣品材料中全自動高效分離DNA和病毒核酸,具有高速和高產率。用戶可以根據特殊需要在幾個不同方法間作出選擇。此外,該試劑盒所能用處理的樣品容量范圍也很大。因此,對于檢測工作量大的實驗室來說,新的試劑盒將成為有用的工具。
MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸小容量試劑盒
MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸大容量試劑盒
MagNA Pure 96細胞RNA小容量試劑盒
MagNA Pure 96細胞RNA大容量試劑盒
3×192次純化
3×192次純化
3×96次純化