一：顯微鏡基本操作步驟：（熒光顯微鏡為例） 
1. 熒光光源暖機； 
2. 在未放玻片的情況下，將拍攝拉桿調至數碼攝像頭，進行白平衡；
3. 將拍攝拉桿調節到目鏡觀察位置；
4. 調整瞳孔距離 ；
5. 調整視差 ； 
6. 在明視野，低倍物鏡下尋找目標，對焦；
7. 換合適的物鏡，對焦； 
8. 調整光源亮度； 
9. 調整聚光鏡 ； 
10. 根據需要調整濾光片或者是光圈

二：在目鏡中可見清晰圖像時候，將顯微鏡調整到數字攝像頭操作步驟如下： 
1. 調節拍攝拉桿將影像轉至數字攝像頭；
2. 亮視野下檢查是否合焦，不合焦的話轉動細調焦旋鈕對焦。此時應為明視野，保持相機在高幀率狀態；
3. 調節攝像頭的色彩，可以根據需要做手動白平衡，或者手動調節紅色，綠色，藍色的增益值； 
4. 拍攝照片， 拍攝時候，亮視野情況下，若是普通cmos相機應將gain值較低，并根據需要調節飽和度。而進行熒光顯微拍攝時，應根據推薦選擇合適增益值，并將相機幀率調低，保證拍攝照片的噪點較低； 
如果需要拍攝較好的熒光圖片，相機應該為顯微拍攝做過優化，能進行制冷，減少噪點。此外相機最好幀率可調，降低噪聲。

在熒光顯微鏡下成像進行拍攝照片記錄時，需要使用到符合成像要求的熒光成像攝像頭。