截止目前,全球新冠確診病例超200萬例,在國內疫情被逐步控制的情況下,國外卻呈現愈演愈烈之勢,總體情況不容樂觀。在這個背景下,世界各國對新冠疫苗和藥物研發以及相關的檢測試劑盒的開發也在緊鑼密鼓的進行中,并取得了初步的成果。
近日,英國政府投資2000萬英鎊,聯合NHS、公共衛生機構、Sanger研究所和眾多學術機構組成的COVID-19 Genomics UK聯盟,將提供大規模、快速的疾病樣本測序信息,并與醫院、區域NHS中心和政府共享數據。其中Sanger研究所(Wellcome Sanger Institute)作為世界上最先進的基因組測序和數據中心之一,將會對得到的確診COVID-19病人樣本進行基因分析,以了解新冠的傳播和變異方式并在全國范圍內監控病毒的變化。
Genome sequencing facility at the Sanger Institute
Sanger研究所新冠樣本病毒文庫制備SOP
該SOP描述了一種新冠病毒全基因組序列擴增和測序的方法。首先從SARS-CoV-2病毒中提取核酸并生成cDNA,使用V3 nCov-2019引物(ARTIC)對病毒cDNA進行擴增,這套引物包含98對引物,分別產生400bp左右的擴增片段,剛好可以覆蓋病毒全基因組(MN908947.3: 29903bp)。接下來再進行文庫構建、定量均一化和pooling,然后使用Illumina NovaSeq平臺進行測序。
在這個過程中,cDNA generation(Luna Script Super Mix Kit)、cDNA 的擴增(NEB Q5)、cDNA的定量(AccuClear Ultra High Sensitivity dsDNA Quantitation Kit) 和文庫的定量(qPCR)等多個步驟使用了來自SPT Labtech的納升級液體工作站mosquito和dragonfly對RT Master Mix,cDNA和酶等試劑進行小體積的精準分液。(具體SOP請點擊下方鏈接查看)
https://www.protocols.io/view/covid-19-artic-v3-illumina-library-construction-an-be3wjgpe?step=26
英國SPT Labtech:mosquito & dragonfly 納升級分液系統
除了常規的測序外,mosquito和dragonfly還廣泛應用于單細胞轉錄組、宏基因組和表觀組測序等多個應用,涉及到數十個成熟的protocol。通過mosquito和dragonfly,可以大大降低input的使用量 (20 pg),微縮化整個建庫體系(低至2 uL),大大節省試劑和耗材成本,提高整個工作流程的精準度和自動化。
mosquito/dragonfly 相關的應用和protocol