差異蛋白是指在不同生理或病理狀態下表達水平存在顯著變化的蛋白質。識別和鑒定差異蛋白對于深入理解生物過程、發現生物標志物以及開發新藥物具有重要意義。蛋白組學作為一種強大的技術平臺，在篩選差異蛋白中扮演著關鍵角色。本文將介紹蛋白組學在篩選差異蛋白中的關鍵步驟和技術選擇。

一、蛋白質樣本準備

蛋白質樣本準備是差異蛋白組學研究的重要一環。關鍵的步驟包括樣本收集、蛋白質提取和預處理。樣本的選擇要考慮研究目的和樣本的來源，例如組織樣本、血清或細胞培養上清液等。蛋白質提取方法的選擇要考慮到樣本的復雜性和蛋白質豐度范圍。預處理步驟如去除低豐度蛋白、富集特定類型蛋白等，可以提高差異蛋白的檢測靈敏度。

二、蛋白質分離

蛋白質分離是差異蛋白組學中的關鍵步驟，用于降低樣本復雜性并尋找差異蛋白。常用的分離技術包括凝膠電泳、液相色譜等。凝膠電泳技術如二維凝膠電泳（2-DE）可以將蛋白質按照分子量和等電點進行分離。液相色譜技術如離子交換色譜、逆相色譜等可實現高效的蛋白質分離和富集。

三、質譜分析

質譜分析是差異蛋白組學的核心技術，用于鑒定和定量差異蛋白。質譜技術如液相色譜質譜聯用（LC-MS）能夠實現高通量的蛋白質鑒定和定量。液相色譜與質譜聯用可實現蛋白質的高效分離和質譜分析。質譜數據的解析和鑒定通常借助數據庫搜索、譜庫匹配和定量軟件等工具。

四、數據分析

數據分析是差異蛋白組學研究的重要環節。它涉及到數據過濾、差異蛋白的鑒定和功能注釋等步驟。統計分析方法如t檢驗、方差分析和偏最小二乘回歸等可以幫助鑒定差異蛋白。功能注釋則通過生物信息學工具和數據庫進行，以了解差異蛋白的功能、通路和相互作用等信息。

蛋白組學在篩選差異蛋白方面提供了有力的技術支持。通過蛋白質樣本準備、蛋白質分離、質譜分析和數據分析等關鍵步驟，我們能夠發現并鑒定不同生理或病理狀態下的差異蛋白。差異蛋白的篩選為生物醫學研究和藥物開發提供了重要的線索和目標。

圖1