關鍵詞：蛋白質(zhì)組，SILAC，KRAS，癌癥

來自德州大學的Giulio Draetta教授及其同事發(fā)現(xiàn)胰腺癌細胞表面的一種名為syndecan-1(SDC1)的蛋白質(zhì)可以響應胞內(nèi)KRAS的信號，并促進巨噬細胞的破壞作用。這項研究發(fā)表于最新的《Nature》雜志。

Letter | Published: 27 March 2019

Syndecan 1 is a critical mediator of macropinocytosis in pancreatic cancer

原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41586-019-1062-1

腫瘤細胞有惡性無限增殖能力，而這種能力需要大量的能量來支持。很顯然，常規(guī)的能量代謝頻率并不能滿足貪婪的腫瘤細胞，它需要借助巨噬破壞其他正常細胞才能滿足其自身的能量供應。這種調(diào)控巨噬獲得能量的機制尚不明確，是目前研究熱點之一。

胰腺導管腺癌（PDAC）是一種惡性程度很高，診斷和治療都很困難的消化道惡性腫瘤。90%胰腺導管癌中存在Kras突變。這種突變會通過尚不明確的機制激活腫瘤微環(huán)境的巨噬細胞，并促進巨噬細胞的胞吞作用。

為了準確地找到胰腺導管腺癌的代謝，Giulio Draetta團隊發(fā)起了挑戰(zhàn)。他們構(gòu)建了Kras開放和關閉狀態(tài)下的模型，并通過蛋白組學技術，廣泛篩選與研究KRAS相關的細胞表面蛋白，以期尋找治療胰腺癌的新靶點。

探索攻略 

實驗材料：PDAC小鼠模型細胞-- Kras OFF vs Kras ON

1、定量蛋白組分析Kras信號傳導帶來的變化

為了探討Kras信號傳導帶來的細胞表面蛋白表達變化，研究團隊利用SILAC定量蛋白質(zhì)組技術比較了Kras OFF與Kras ON差異。此次分析共獲得221個差異表達的蛋白，其中196個蛋白上調(diào)，25個下調(diào)。

2、生信分析討論功能與通路

IPA（Ingenuity pathway analysis）分析顯示，許多上調(diào)表達蛋白參與PDAC被激活的生物過程，包括軸突導向信號通路，這個結(jié)果支持了KRAS*是PDAC分子重編程的主要驅(qū)動因素的觀點。

3、鎖定關注蛋白

研究人員選擇了在人源PDAC細胞系中同樣存在的110個蛋白，以及37個在細胞表面高表達的基因，構(gòu)建了一個shRNA文庫，并以此構(gòu)建小鼠模型。

進一步分析發(fā)現(xiàn)硫酸肝素蛋白聚糖家族中的SDC1在Kras表達過程中，在質(zhì)膜上顯著富集。

而在蛋白組分析結(jié)果中，SDC1也同樣高度富集。因此，研究人員在后續(xù)研究中，鎖定了SDC1作為關注蛋白。

4、關注蛋白功能驗證

后續(xù)驗證實驗表明，SDC1的缺失可以顯著抑制皮下異種移植瘤的生長，也會抑制腫瘤細胞的克隆形成和致瘤性。

種種實驗結(jié)果均說明了iKras*腫瘤細胞表面的SDC1對疾病進展至關重要。而它的工作方式則是通過調(diào)控巨胞飲為腫瘤細胞的生長提供能量。

小結(jié) 

該研究利用蛋白組學技術廣泛檢測了因Kras狀態(tài)改變而引起的細胞表面蛋白變化。

在差異蛋白中層層篩選，獲得關注蛋白，并進行了大量的功能驗證，最終在KRAS*信號傳導和PDAC中驅(qū)動營養(yǎng)回收通路的靶分子之間建立了一種機制聯(lián)系。

也為后續(xù)的腫瘤研究提供了通過分析表面蛋白表達差異，尋找癌癥特異性弱點的策略。