靶標(biāo)預(yù)測(cè)

A:有什么簡(jiǎn)單的方法可以通過(guò)化合物的結(jié)構(gòu)式預(yù)測(cè)該化合物可能的藥理毒理作用么，比如抗腫瘤，抗炎，抗神經(jīng)等等。

B:反向找靶。

A:那就復(fù)雜咯，想簡(jiǎn)單點(diǎn)，然后去做細(xì)胞實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。想著是不是可以通過(guò)計(jì)算機(jī)來(lái)預(yù)測(cè)哈子。

C:反向?qū)�接�?/p>

D:直接做激酶譜不就行了。

E:多糖類(lèi)藥物可以做這個(gè)激酶譜嗎?

F:激酶譜 一次2、3萬(wàn)。

A:你這花費(fèi)也太高了，都不知道有啥作用呢。

E:那它出來(lái)的效果很好嗎?還是效果不一定好。

A:多糖類(lèi)?我接觸到的客戶(hù)多糖類(lèi)的，好像做炎癥的偏多。

G:多肽類(lèi)的呢?

E:多糖類(lèi)做炎癥的是很多。

G:多糖抗菌性唄。

H:不知道有啥用，為啥要合成呢。

I:他是不是先試試有沒(méi)有毒比較靠譜，如果毒性大直接放棄吧!

A:我聽(tīng)說(shuō)可以通過(guò)計(jì)算機(jī)分析出化合物的藥理與毒理，還有成藥性等。具體實(shí)驗(yàn)啥的，可以后面做嘛，先預(yù)測(cè)，后驗(yàn)證。

J:或者試試靶點(diǎn)預(yù)測(cè)。

K:先比較下結(jié)構(gòu)相似性，看看可能有啥活性。

C:先從成藥性考查一下?

H:我覺(jué)得結(jié)構(gòu)相似性這個(gè)方向可行。

E:結(jié)構(gòu)相似性怎么做啊?

C:我記得有些什么定律，能判斷一個(gè)化合物適不適合做藥。

L:藥物相似性和OB么?

M:類(lèi)藥物五原則，分子相似度。

N:藥是沒(méi)有規(guī)律的，偉大的藥是上天的恩賜，有可能這話(huà)很難聽(tīng)。但是做學(xué)術(shù)研究還是可以的。

C:也是，植物中稀奇古怪的次級(jí)代謝物有些都是活性很好的藥。

C:Swisstarget也行。

O:我自己靶標(biāo)預(yù)測(cè)的經(jīng)驗(yàn)，是多用幾個(gè)預(yù)測(cè)系統(tǒng)，選擇重復(fù)的靶標(biāo)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

P:如果一個(gè)化合物或者兩種化合物，利用殷賦科技的AI計(jì)算技術(shù)，可以預(yù)測(cè)作用及靶點(diǎn)，非常有價(jià)値。

殷賦科技: 想不到這個(gè)問(wèn)題這么多人關(guān)注哈。

O:大家都有化合物，不知道如何選擇靶標(biāo)吧，我也用了swisstarget。

Q:大神們，swissmodel建出來(lái)的模型也可以發(fā)sci的嗎?

殷賦科技:光建模嗎?

N:什么是靶點(diǎn)?

Q: 還有實(shí)驗(yàn)!但我感覺(jué)swissmodle也太不準(zhǔn)了吧。

殷賦科技:那就可以發(fā)啊。感覺(jué)不準(zhǔn)的依據(jù)是?

殷賦科技:同源性足夠高，覆蓋范圍足夠長(zhǎng)，應(yīng)該還好吧。結(jié)合蛋白的功能以及相關(guān)實(shí)驗(yàn)信息(比如定點(diǎn)突變)的提示，選擇“正確”的模型。

分子對(duì)接常用軟件

A:請(qǐng)教前輩們一個(gè)問(wèn)題：DS、MOE、Autodock、schrodinger 這四個(gè)軟件，哪一個(gè)用來(lái)做分子對(duì)接接更好一點(diǎn)?

殷賦科技:薛定諤沒(méi)用過(guò)，我推薦用Dock6。

B:薛定諤挺準(zhǔn)的，不過(guò)操作不友好。

A:那發(fā)文章啥的，用哪個(gè)合適，感覺(jué)schrodinger界面更精致。

殷賦科技:你用什么軟件做計(jì)算，就用什么寫(xiě)文章，不過(guò)要注意，商業(yè)軟件需要有版權(quán)。

A:那就貌似用autodock不用有版權(quán)吧。

C:我覺(jué)得花錢(qián)的好。

殷賦科技:autodock 引用文獻(xiàn)就好。

A:花錢(qián)是挺好，但是沒(méi)有錢(qián)呢!

殷賦科技:這些商業(yè)軟件當(dāng)然貴了，大多數(shù)功能模塊都是用不著的。你們還在糾結(jié)這個(gè)問(wèn)題，用dock6啊，免費(fèi)又準(zhǔn)確。

虛擬篩選費(fèi)用

E:這兩天用vina篩一個(gè)二十多萬(wàn)的分子庫(kù)，費(fèi)了一個(gè)多星期，不知道算不算正常?

E:28核CPU。

殷賦科技 :正常

F:假設(shè)是22萬(wàn)化合物，那么你的篩選速度相當(dāng)于每核心每化合物1.3分鐘。對(duì)vina來(lái)講正常了。但是，你可以租賃計(jì)算機(jī)，一臺(tái)機(jī)器一周7天大約500元。你用7個(gè)節(jié)點(diǎn)，500元一天搞定。14個(gè)節(jié)點(diǎn)，500元，半天搞定。

殷賦科技:求推薦。

F :廣州超算中心，就是貴一倍1000元也值。

E:這么計(jì)算，確實(shí)很值得，看來(lái)現(xiàn)如今計(jì)算資源才是王道啊。

殷賦科技:用起來(lái)吧!高效地發(fā)文章。

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