PCR Array——基因表達分析疾病和信號通路的利器（一）
瀏覽次數：6576 發布日期：2014-8-21
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——讓基因表達分析實現高通量之原理&性能優勢 |
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以前只要提到基因表達分析，人們就會想到熒光定量PCR；只要提到高通量基因表達分析，人們會首先想到基因芯片。雖然熒光定量PCR儀幾乎每個實驗室都有，但是做芯片就不一定每個實驗室都具備這個條件了。那么只有一臺熒光定量PCR儀是否也能進行高通量的基因表達譜分析呢？
QIAGEN 推出的RT2 Profiler PCR Array是一種高度可靠且靈敏的基因表達譜分析技術，它利用實時定量PCR分析信號轉導、生物過程或特異性疾病，來研究通路中聚焦的一組基因。每個PCR Array都包含一條通路聚焦的基因以及5個看家基因。此外，每個陣列還包含一組專利對照，用以監控基因組DNA 污染（GDC）、第一鏈合成(RTC)和實時定量PCR效率（PPC）。
RT2 Profiler PCR Array上的基因是經過大量相關文獻閱讀選定，專有的引物設計符合超過10個熱力學和序列比對要求。每個RT2 Profiler PCR Array含有89個在實驗平臺驗證過的RT2 qPCR Primer Assays（包括5個看家基因）和一套對照。為實驗研究者節省了大量預實驗、引物驗證、文獻選擇基因等繁瑣的過程，可以直接明了的了解不同課題研究中某信號通路或疾病中關鍵基因的表達譜。 |
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RT2 Profiler PCR Array原理 |
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RT2 Profiler PCR Arrays是分析一組特定基因表達的可靠工具，引物經過優化。每個96孔板、384孔板或100孔盤PCR芯片都包含SYBR® Green優化的引物分析，可對相關的通路或疾病相關的基因進行細致的研究，并含有相應的RNA質量控制。RT2 Profiler PCR Arrays也可針對您特定的研究興趣對一些基因作定制化分析。高品質引物設計和RT2 SYBR® Green qPCR Mastermix規格使PCR芯片可在統一的循環條件下同時擴增96或384個不同的基因特異性產物。
RT2 Profiler PCR Arrays進行的基因表達分析具有real-time PCR的靈敏度和微陣列的多基因檢測能力。這種整合使RT2 Profiler PCR Array具有高特異性和擴增效率，可獲得準確的SYBR® Green real-time PCR結果。PCR芯片在任何研究實驗室都易于使用。
RT2 Profiler PCR Arrays具有足夠高的敏感度，可使用從常規樣本（0.1–5 µg RNA）、FFPE樣本和小樣本（1–100 ng RNA）制備的RNA。 |
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RT2 Profiler PCR Array性能優勢 |
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靈敏度
RT2 First Strand Kit靈敏度高，每個芯片使用至少1 ng或至多5 µg總RNA可獲得高于80%的陽性信號率（參見Positive results with as little as 25 ng RNA）。
可檢測低達25 ng的RNA：使用Human Inflammatory Cytokines和Receptors RT2Profiler PCR Array來區分不同量的通用總RNA，然后計算各個量可檢測基因的百分比。即使細胞因子的表達水平很低，25 ng總RNA陽性率>80%。
重復性
可在各種real-time PCR分析儀上使用。整個PCR芯片體系與技術上的重復性、批次和儀器有很高的相關性，平均相關系數>0.99，確保對生物樣本間的表達差異進行可靠的檢測（參見High reproducibility among different users）。
不同使用者均能獲得可重復的結果：對比兩位科學家（A 和B）在不同的時間使用Human Drug Metabolism RT2 Profiler PCR Arrays重復進行四次實驗，獲得的原始循環閾限數據（1–4）。結果表明數據間相關性很高（R2 >0.990）。
特異性
PCR芯片體系使用高品質RNA，可在預期位置形成單條帶，無引物二聚體或其他二級產物，由此可獲得高度準確的real-time PCR結果（參見A single gene-specific product in every reaction）。
每次反應都能檢測到基因特異性產物：使用TGFβ/BMP Signaling Pathway RT2 Profiler PCR Array區分通用總RNA，然后進行熔解曲線分析。PCR芯片特異性檢測個體基因，無論相同RNA樣本中相關基因家族成員的表達狀態如何。
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統一的PCR擴增效率 |
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對多種樣本的多個基因進行準確的基因表達比較，需要PCR芯片技術具有統一的PCR擴增效率。將專有的引物設計法則與嚴格的引物分析檢測相結合，確保PCR芯片的每次引物分析都具有高性能（參見PCR arrays yield highly accurate results）。
PCR芯片能夠獲得高度準確的結果：使用RT2 Profiler PCR Arrays對4000基因進行分析，平均擴增效率為99%。持續的高擴增效率確保PCR芯片能夠使用ΔΔCT法準確的同時分析多種基因。
數據分析便利——免費的RT2 Profiler PCR Array的線上數據分析軟件可分析原始的CT值，可在幾分鐘內得到多種形式的結果（散點圖、火山圖、群集圖）。
未完待續。
以上信息來源于www.qiagen.com。
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