水生生物呼吸代謝測量原理為“間歇式”，集合了“開放式”（實時測量）和“封閉式”（測量簡單但精度差）的優(yōu)點，同時又克服了開放式測量時間解析度差、封閉式不能連續(xù)長時間測量等缺點。“間歇式”測量的呼吸室放置在水浴槽（周邊水體）內，循環(huán)泵可以確保呼吸室內水體的均一并保證有足量的水體流經傳感器，而水體交換泵可以使周邊水體與呼吸室內水體進行交換。測量時水體交換泵關閉（呼吸室類似封閉式），然后由計算機控制開啟交換泵，周邊水體被泵入呼吸室從而使氧氣水平達到測量前的水平。整個過程分3個步驟：測量、水體交換、等待，測量時循環(huán)泵開啟，水體交換時交換泵開啟循環(huán)泵關閉，等待時交換泵關閉循環(huán)泵開啟，每10分鐘即可測量1次。如此以來，象“開放式”一樣，實驗可以無限期地進行下去，從而進行長時間的實驗分析監(jiān)測。

在每個測量期，由于動物的呼吸耗氧，溶解氧濃度隨著測量時間的延長而降低并呈直線相關關系，動物耗氧率（每小時每公斤體重消耗的毫克氧氣）等于相關曲線的斜率乘以呼吸室的靜體積除以動物的體重。