水生生物呼吸代謝測量原理為“間歇式”，集合了“開放式”（實時測量）和“封閉式”（測量簡單但精度差）的優點，同時又克服了開放式測量時間解析度差、封閉式不能連續長時間測量等缺點。“間歇式”測量的呼吸室放置在水浴槽（周邊水體）內，循環泵可以確保呼吸室內水體的均一并保證有足量的水體流經傳感器，而水體交換泵可以使周邊水體與呼吸室內水體進行交換。測量時水體交換泵關閉（呼吸室類似封閉式），然后由計算機控制開啟交換泵，周邊水體被泵入呼吸室從而使氧氣水平達到測量前的水平。整個過程分3個步驟：測量、水體交換、等待，測量時循環泵開啟，水體交換時交換泵開啟循環泵關閉，等待時交換泵關閉循環泵開啟，每10分鐘即可測量1次。如此以來，象“開放式”一樣，實驗可以無限期地進行下去，從而進行長時間的實驗分析監測。

在每個測量期，由于動物的呼吸耗氧，溶解氧濃度隨著測量時間的延長而降低并呈直線相關關系，動物耗氧率（每小時每公斤體重消耗的毫克氧氣）等于相關曲線的斜率乘以呼吸室的靜體積除以動物的體重。