康成生物提供基于Illumina Genome Analyzer IIx測序系統的高通量測序服務項目,為基因組,轉錄組以及表觀遺傳組等研究領域的廣大研究人員提供更深入,更全面的技術服務。
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DNA甲基化測序服務
DNA甲基化是表觀遺傳(Epigenetics)調控的重要組成部分,在維持正常細胞功能、遺傳印記、胚胎發育以及人類腫瘤發生中起著重要的作用,是目前新的研究熱點之一。在哺乳動物中,甲基化一般發生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上,通過使用5’-甲基胞嘧啶抗體富集高甲基化的DNA片段,并結合Illumina高通量測序平臺,對所有富集的DNA片段進行高通量測序,研究人員能夠獲得全基因組范圍內高精度的甲基化狀態,為深入的表觀遺傳調控分析提供了更有利的切入點。
康成生物為您提供甲基化測序技術服務,您只需要提供保存完好的組織或細胞標本,康成的技術服務人員就可為您完成全部實驗操作,包括超聲打斷基因組、甲基化DNA免疫共沉淀、MeDIP與 Input DNA文庫構建、高通量測序和數據分析、并提供完整的實驗報告。 |
DNA甲基化測序技術優勢
* 靈活度高:能夠直接對任意物種的高甲基化片段進行測序,無需已知的基因組序列信息。
* 檢測范圍廣:覆蓋整個基因組范圍的甲基化區域。
* 精確度高:能夠在實際結合位點50個堿基范圍內精確定位。
* 數字化信號:直接對甲基化片段進行測序和定量,不存在傳統芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。
康成MeDIP-seq技術服務優勢
*MeDIP富集效果特異性佳:MeDIP是獲得準確測序數據的關鍵。康成MeDIP平臺經過不斷地優化,抗體富集效率高和特異性好。
*圖釋:康成優化后的MeDIP平臺效果。橫坐標為MeDIP-score其數值大小代表基因啟動子甲基化水平,縱坐標為基因的數目。左圖為用經典MeDIP方法構建測序文庫的效果,陽性基因H19和Xist的信號無法和陰性基因GAPDH進行區分。右圖為優化后的結果展示,陽性基因的MeDIP-score值遠高于陰性基因,證明抗體富集的特異性。 |
*嚴格的質控體系:康成生物在MeDIP-seq每個關鍵步驟都加入了質控實驗。這些QC數據能夠評估每個步驟的質量。如果達不到標準,我們會重復實驗步驟或者優化實驗體系,使得每個樣品都能夠順利進入下個實驗環節。
*圖釋: MeDIP-qPCR 質控。測序實驗之前先對MeDIP實驗效果進行評估,確定抗體富集的特異性。圖中H19的啟動子區域為陽性對照,管家基因GAPDH啟動子區域為陰性對照,檢測結果以MeDIP樣品和Input樣品的qPCR數據的比值表示。可以看出:MeDIP特異地富集甲基化的DNA區域,且陽性信號遠高于背景噪音。 ![]() |
*圖釋: MeDIP-seq技術服務流程和關鍵步驟的質量控制
*優化的文庫制備流程: 起始量少至1μg乃至更少量的起始DNA樣品即可進行甲基化測序實驗;同時,對MeDIP富集過程及測序文庫嚴格的質量監控保證了高品質的測序結果。
*對DNA甲基化水平進行數字化定量分析:通過對測序得到的大量序列進行深入分析,MeDIP-seq得到的序列信息能夠轉換為可定量的甲基化水平信息。對基因組任意區域的甲基化水平給出定量的結果,并分析差異甲基化的區域。
*可視化分析: 提供50bp精度的全基因組DNA甲基化信號可視化數據。通過UCSC基因組瀏覽器(UCSC genome browser),任意區域的甲基化水平能夠直觀的進行展示和比較。
康成生物提供的DNA甲基化測序服務流程
1. 甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP)
2. 測序文庫構建
3. DNA成簇(Cluster)擴增
4. 高通量測序
5. 數據分析
6. 提供實驗報告
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