宏基因組研究策略的出現，使得我們無需分離培養單個微生物，利用高通量測序技術即可對來自特定環境或人體部位的微生物群落展開全局研究。16S rDNA因其序列在物種間的高度多樣性，成為細菌分類學研究的“分子鐘”，其序列包含可變區和保守區，可變區因細菌而異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關。16S rDNA測序是通過提取微生物菌群的DNA，選擇可變區的特定區段進行PCR擴增，再結合高通量測序分析，幫助研究人員大規模鑒定細菌群落組成，表達豐度，以及開展系統進化分析，促進了我們對微生物群落與環境互作，以及與人類互作的理解。 
 

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