Sanger測序
【服務介紹】
擎科生物是采用以磁珠為依托的半自動測序流程。較傳統膜純化方法,采用磁珠方法大幅提高模板純度和濃度,有效避免信號弱,信號衰減,甚至無信號的風險,測序成功率為國內領先水平。
【服務特色】
1.實驗基地:全國多個城市都有實驗基地,近距離的提供服務。
2.質量可靠:上下游實驗均采用磁珠純化,實驗穩定結果更好。
3.快速交付:當日取樣,最快次日上午發送結果。
4.測序通量:擁有二十多臺3730xl測序儀,可滿足大批量測序要求。
【送樣要求】
菌液要求
1. 需培養的菌液:提供的量不少于200μl;
2. 長途運輸盡量提供穿刺菌;
3. 新鮮菌液易于培養,可以獲得更多的DNA,同時更大限度保證菌種的純度。
質粒要求
1. 請務必溶于滅菌的雙蒸水中。
2. 檢測濃度大于50 ng/μl濃度;不少于20μl。
PCR產物要求
1. 請務必溶于滅菌的雙蒸水中。
2. 檢測濃度大于50 ng/μl濃度;不少于20μl。
測序引物要求
1. 請務必溶于滅菌的雙蒸水中。
2. 檢測濃度大于50 ng/μl濃度;不少于20μl。
【訂單注意事項】
1.請詳細填寫測序樣本登記表,避免產生問題訂單,以便及時安排實驗。
2.送樣管上編號請和登記表上一致,樣品編號可包含“字母”、“數字”、“—”,3.請勿出現其他特殊字符。
4.菌液樣品需要注明使用抗生素。
5.若需要測序的引物不是通用引物,請單獨提供,并標注濃度。
6.若測序樣品存在特殊結構,請在訂單上備注,如:GC rich、甲基化、復雜結構等。
7.大批量的樣品,請提供電子版樣品表格。
【測序常見問題】
Q-1.測序結果有很多套峰,還照常收費,為什么?
A-1.DNA模板上出現二處以上引物結合位點,或者DNA模板上有嚴重的重復序列,以及測序引物不純時, 測序結果便會出現套峰現象。出現這種現象的原因由DNA模板本身或者引物本身所造成,這些結果會收費。
Q-2.為什么用PCR產物測序時,經常會出現套峰現象?
A-2.PCR產物測序出現套峰現象,一般有以下幾種原因:
(1) PCR用模板不純或PCR用引物特異性不好,擴增出的產物除了目的片段外,還有與目的片段長度相近的片段,即使用凝膠電泳也無法分離開,這樣的PCR產物測序結果是套峰。
(2) 結構上的原因,造成了PCR產物測序出現套峰的現象。PolyA/T G/C以及原因不明的復雜結構的存在,都會出現測序結果套峰的情況。
Q-3.出現套峰的原因是什么?
A-3.在測序反應中,模板或引物的原因都可能造成套峰的形成,歸結其形成原因有以下幾點:
(1) 測序引物在模板上有兩個結合位點形成套峰。
(2) 模板不純,如果是質粒或是菌液,原因是非單克隆,如果是PCR,原因為非特異性條帶。
(3) 模板序列的特殊結構,如poly結構、發卡結構等。
(4) 引物降解,引物不純,或引物的特異性不好。
Q-4.測序結果不到800 Bases,還照常收費了,為什么?
A-4.如在DNA樣品中的DNA序列分布勻稱,沒有復雜結構時,正常的測序反應能保證達到800 Bases以上。但有一些DNA樣品立體結構復雜,造成聚合酶延伸反應終止,測序信號突然減弱或消失,或者測序結果出現套峰現象。出現這些現象的原因由DNA模板本身所造成。 對這些結果,公司會根據具體測序情況進行收費。出現這些情況的原因分析如下:
(1) G/C rich、G/C Cluster:這種情況一般表現為測序信號突然減弱或消失;
(2) A、T的連續結構:這種情況一般表現為A、T連續結構后面的測序結果出現套峰。根據文獻記載,原因在于聚合酶進行聚合反應時,由于A或T的連續,聚合酶難以識別完整的每個A或T,在某個A或T的后面便開始進行A或T連續結構以后序列的聚合反應(打滑現象),造成測序結果紊亂,出現套峰。出現這樣的情況,建議反向測序。
(3) 原因不明的復雜結構,測序結果出現突然信號減弱或消失。從序列上看,DNA堿基排列并無特別異常。估計是DNA整體出現復雜結構,從某一位置開始聚合酶的聚合反應便無法進行。
Q-5.覺得你給我的結果完全不是我需要的序列?
A-5.出現這樣的情況只有兩種可能:
(1) 可能是空載體,沒有裝進去目的片段。
(2) 您的樣品插入部分與您預期的不一致。我們無法判斷測得的序列是否與您預期的結果一致,我們可以為您做的是,檢查發送給您的測序結果與您提供來的樣品是否一致。出現您這樣的問題,我們常規的做法是進行驗證實驗。驗證實驗的方法是取您的原始菌液重新抽提質粒進行測序。驗證實驗如在可靠范圍內結果與前次不同則說明我們前次的測序結果是有問題的,前次測序的費用免除;如結果仍然相同,那么說明前次測序的結果準確,則您還需要支付這一次測序的費用。
Q-6.測序結果的找不到引物序列?
A-6(1) 如果您提供的是PCR樣品,在測序報告上找不到您的引物序列是正常的。這是因為測序反應是通過對被熒光標記的ddNTP的讀取而獲得基因序列的,而測序引物由于沒 有熒光標記,因此自然在測序結果中就不會被識別。實際上不但測序引物無法識別,而且由于目前測序技術的局限性,緊靠測序引物一側的30~50個bp通常也無法100%識別,如果需要驗證這個區域的堿基序列或者測序引物本身的序列,就需要用另一側引物進行反向測序。
(2) 您提供的是質粒或菌液樣品,使用通用引物測序,找不到您的PCR引物可能是因為您的PCR引物距離載體的通用引物位點過近,由于測序反應在距離起始位點30-50bp內的結果可信度不高,因此會影響您正確讀取您的PCR引物序列。
Q-7.我有一個長的片段,希望你們幫我測通,還有測通需要的時間。
A-7(1) 長度為1Kb的DNA模板需要兩個測序反應,才有可能得到完整準確的讀長,對于1.6kb以上的DNA片斷,在兩個反應后還需要設計合成測序引物,測序后拼接出全長,對于這些測序引物,我們將按堿基個數收取引物合成費用。
(2) 測通需要的時間。
a.如有預期片段的序列,可以一次做設計好引物做出實驗方案, 3-5天發送結果;
b.如沒有預期的序列,可以從兩端設計引物,引物合成時間需要48小時,測序需要48小時。
【公司簡介】
北京擎科生物科技有限公司(Tsingke Biotechnology Co., Ltd.)是一家為生命科學領域提供技術服務及產品的國家高新技術企業。公司深耕于基因合成技術及其上下游產品的開發應用,業務范圍涵蓋生命科學服務及產品、工具酶及合成生物學產品、生物制造CRO/CDMO開發與生產服務三大方向。公司肩負推動生物科技發展、讓世界更美好的使命,秉承品質、創新、共贏、奮斗的價值觀,始終將行業需求作為公司的導向,為客戶提供基因測序、DNA/RNA合成、分子生物學試劑、合成儀等儀器設備、化學合成原材料以及多種科研項目服務。
作為基因合成領域的佼佼者,經過多年的數據和經驗積累,專注于合成生物學研發及應用平臺搭建,形成了完整的基因合成產業鏈和完善的服務體系,業務覆蓋全國并延伸至美國、德國等多個海外國家和地區,累計為全球約12萬用戶提供服務與產品。
作為國家高新技術企業、北京市知識產權試點單位,擎科生物注重自主研發的同時,通過多領域專業人才的引進,不斷發展和完善核心技術創新研發體系。參與多項國家及省部級科技研發項目,同時參與制定了國家及行業相關標準。自公司成立以來,先后與天津大學、浙江工業大學、天津工業生物技術研究所等多家高校和科研院所進行戰略合作,并與知名院士團隊共建生物技術聯合創新中心,進行校企合作、培育行業人才,實現產學研一體化,引領合成生物學的創新發展。
擎科生物致力于為從事生命科學研究的科研人員及企事業單位提供高質量、本地化的生物技術服務和產品,公司已通過CNAS質量體系認證,擁有符合生物醫藥診斷標準的10萬級潔凈生產車間和自動化生產設備,以及超過12000m2的創新研發中心。截至2020年11月,擎科生物擁有91項專利及核心技術,其中40多項發明專利,使用擎科生物服務和產品客戶發表文章累計超過3100篇,影響因子累計超過1萬。
北京擎科生物科技有限公司
地址:北京市經濟開發區經海四路156號院5號樓401
bio-equip.com
北京擎科生物科技股份有限公司(Beijing Tsingke Biotech Co., Ltd.)是一家自主全產業鏈的基因合成平臺型企業,業務范圍涵蓋合成基因組學產品及服務、生命科學原料及設備、生物制造CXO三大方向。
企業總部位于北京,運營實體和實驗室遍布全國,總運營面積超70,000 m²。致力于為全球從事生命科學研究的科研人員及企事業單位提供高質量的生物技術服務和產品,業務覆蓋全國并延伸至美洲、歐洲等海外地區,擁有快速響應客戶需求的能力,為全球近20萬用戶提供服務與產品。
[使命]生物科技 · 讓世界更美好
[愿景]世界偉大的基因工廠
[核心價值觀]品質 創新 奮斗 共贏