RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP )是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術,是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具,能幫助我們發現miRNA的調節靶點。 RIP這種技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,然后經過分離純化獲得結合在復合物上的RNA,再通過高通量測序實現對目的RNA的信息分析。RIP技術與高通量測序的結合,能幫助研究人員更好的了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。

樣本要求

• 樣品類型:RIP分離的RNA樣品

• 樣品量:RNA總量100ng以上。

• 樣品保存:將RNA溶于RNase Free 的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。

• 樣品運輸:樣品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰運輸。

測序方案

測序模式 SE50或PE150(根據客戶需求)

測序數據量 20M reads 或5Gb clean data(根據客戶需求)

生物信息分析內容

1 原始數據質控檢查

2 比對結果質控檢查

3 測序reads全轉錄組分布圖

4 結合峰鑒定

5 結合峰基因元件分布

6 差異結合峰檢測

7 差異結合峰相關基因GO功能富集分析

8 差異結合峰相關基因KEGG生物通路富集分析