在過去的幾十年中，以質(zhì)譜(MS)為基礎(chǔ)的蛋白質(zhì)組學(xué)已經(jīng)成為鑒定蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用分析(PPIs)的重要技術(shù)。蛋白質(zhì)通過與其它蛋白質(zhì)或化合物相互作用，形成大分子化合物，從而發(fā)揮生物學(xué)功能。對蛋白質(zhì)相互作用的研究能夠幫助我們更好的理解蛋白質(zhì)。當通過IP, CO IP或GST pull-down等蛋白質(zhì)相互作用分析手段，獲得靶標蛋白后，通過質(zhì)譜分析方法對該蛋白進行分析，鑒定及定量，能夠?qū)ο嗷プ饔玫鞍走M行表征，進一步對蛋白質(zhì)功能進行分析。親和純化結(jié)合質(zhì)譜分析（Affinity purification combined with mass spectrometry, AP-MS）則允許在特定生理條件下無偏差的對相互作用蛋白進行檢測。一種做法是利用SILAC方法分別標記實驗組和對照組細胞后進行Co-IP實驗，依靠抗原與抗體之間的專一性反應(yīng)分離得到免疫復(fù)合物；再通過LC-MS/MS來定性/定量檢測免疫復(fù)合物中的蛋白；當實驗組與對照組中某個蛋白質(zhì)的含量達到統(tǒng)計學(xué)差異時，判定這個蛋白質(zhì)與研究的蛋白具有相互作用，可極大降低蛋白質(zhì)互作假陽性結(jié)果可能性。SILAC技術(shù)和Co-IP-MS技術(shù)結(jié)合可用于高通量定量分析在特定情況下蛋白的互作蛋白網(wǎng)。

免疫共沉淀法（CO-IP）結(jié)合質(zhì)譜聯(lián)用的蛋白互作分析
對Pull-down實驗捕獲到的細胞中相互作用較低、豐度低的靶蛋白進行質(zhì)譜鑒定：GST融合蛋白Pull-down技術(shù)結(jié)合質(zhì)譜聯(lián)用的蛋白互作分析
用于高通量定量分析在特定生理條件下蛋白的互作蛋白網(wǎng)絡(luò)分析：SILAC與免疫共沉淀結(jié)合質(zhì)譜聯(lián)用的蛋白互作分析

蛋白質(zhì)相互作用質(zhì)譜分析

質(zhì)譜鑒定相互作用蛋白的兩個常用方法是肽指紋圖譜分析法（peptide fingerprinting）和鳥槍法蛋白質(zhì)組學(xué)分析法（shot-gun proteomics）。肽指紋圖譜分析法，通過SDS-PAGE，對蛋白樣品進行分離。聚丙烯酰胺凝膠可以是考馬斯亮藍（coomassie）和銀染條帶。但是需要樣品條帶是單一條帶，即只含有一個蛋白條帶。將切下來的蛋白條帶用酶進行消化后，通過質(zhì)譜進行分析。這些消化后得到的肽段進行質(zhì)譜分析后，通過與理論數(shù)據(jù)庫進行比對的方式，生物信息學(xué)分析拼接得到目的蛋白的信息。肽指紋圖譜法的一些局限性在于，該方法需要在切膠過程中得到單一的蛋白條帶，如果有雜帶將會影響檢測的準確性，因為雜帶中的蛋白信息可能會掩蓋真實的目的蛋白的信息。因此比較適用于較純的蛋白樣品的鑒定。而鳥槍法蛋白質(zhì)組學(xué)分析法的強大之處在于，鳥槍法可以對蛋白混合物進行分析。

鳥槍法蛋白質(zhì)組學(xué)的原理是先將蛋白質(zhì)樣品消化成肽段，然后將肽段通過高效液相色譜(HPLC)法進行分離。分離后的肽段直接進入質(zhì)譜儀進行分析。質(zhì)譜分析包括了兩個過程，一級質(zhì)譜（MS1）及二級質(zhì)譜（MS2）。一級質(zhì)譜獲取高效液相色譜MS1中洗脫的肽的質(zhì)量-電荷比（m/z）和肽的強度（intensity）；二級質(zhì)譜通過對肽段氨基酸序列進行確定，MS2選擇單個肽段對其進行萃裂從而得到該肽段的光譜數(shù)據(jù)。檢索軟件根據(jù)二級質(zhì)譜信息與相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫比對，結(jié)合匹配度打分及錯配過濾，可得到肽段的確切序列，進而拼接出各蛋白的完整序列，從而實現(xiàn)對蛋白的鑒定。

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