生理條件下，大多數蛋白質間相互作用持續時間很短，從而使得相互作用研究變得很困難。交聯試劑為這一問題提供了解決方案，即在蛋白質相互作用時將它們共價交聯在一起，捕獲蛋白質-蛋白質復合物，凍結短暫微弱的相互作用，從而實現對短暫相互作用蛋白的分離和表征。交聯過程在體內或體外都可以進行，使用體內還是體外交聯取決于項目的需求。兩者區別在于，蛋白質在體內交聯過程中以天然狀態交聯，而對于體外交聯，蛋白質可能會發生變性。

體內交聯

體內交聯反應的過程中，蛋白質交聯反應發生在細胞內部，因此可以消除假陽性的相互作用及蛋白質復合物穩定性喪失的風險。位于細胞膜內的蛋白質通常使用疏水性和脂溶性交聯劑進行交聯反應，而位于細胞膜上的蛋白質（如血漿錨定的受體）通常使用親水性和水溶性交聯劑進行交聯反應。盡管蛋白質保持天然狀態，但由于細胞中蛋白質的復雜性，體內交聯的優化過程也可能很復雜，仍然存在發生非特異性交聯反應的可能性，可以通過使用間隔臂較短的交聯劑來消除非特異性交聯的問題。

體外交聯

在體外交聯過程中，細胞被均質化，裂解。因此，該方法更適合分析較穩定的蛋白質-蛋白質相互作用。由于在特定的裂解緩沖液中對細胞進行裂解，想要對反應條件進行控制變得比較容易，如溫度、pH、離子強度等反應條件都可以進行調整。因為不在受到體內環境的限制，也有更多類型的交聯劑可供選擇，也可以更好的控制非特異性交聯。

交聯法蛋白質相互作用分析
 

化學交聯
化學交聯劑通過在兩個或多個生物分子的特定氨基酸官能團之間形成化學鍵而將相互作用的蛋白質、結構域或多肽共價連接在一起，這些分子由于相互作用而緊密相鄰。根據項目的具體要求，許多商業化的化學交聯劑可供選擇，包括同源雙功能或異源雙功能交聯劑，長臂或短臂交聯劑，可裂解或不可裂解交聯劑，水溶性或非水溶性交聯劑等等。同源雙功能分子靶向蛋白質上相同的功能基團，而異源雙功能交聯劑能夠靶向不同蛋白質上的不同官能基團，可以實現更大的變異性或特異性交聯。交聯劑分子也可以設計成包含可裂解的元素，如酯或二硫鍵，以分別通過添加羥胺或還原劑來逆轉或破壞連接。疏水性的交聯劑，可以進入疏水性蛋白質結構域或穿過細胞膜；親水性的交聯劑，可以限制交聯至水性環境。

光敏交聯

由于將交聯劑添加到細胞懸液或細胞裂解物中可能導致許多非特異性交聯的形成，為了更好的分析蛋白質-蛋白質的相互作用，還通過添加光敏基團等方式，設計了更復雜的交聯劑。這些光敏基團僅在選定的時間內發生反應，并僅對紫外線照射發生響應。一端具有化學交聯基團而另一端具有光敏基團的異源雙功能交聯劑可通過兩個步驟與選擇的目標蛋白發生反應。

• 可對體內瞬時蛋白質間相互作用進行分析
• 可對低親和力的體外蛋白質間相互作用進行分析
• 高檢測靈敏度

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