基于質譜的蛋白質、抗體、多肽等樣品的序列分析，是對樣品氨基酸序列的分析。質譜測序即指基于質譜對樣品一級結構氨基酸序列的測定。在進入質譜序列分析之前，我們先對幾個定義進行簡單的介紹。氨基酸是含有胺（-NH2）和羧基（-COOH）官能團以及每個氨基酸特有的側鏈（R基團）的有機化合物。肽是由肽鍵連接的兩個至五十個氨基酸組成的短鏈。多肽是更長、連續、不分支的肽鏈，最多可包含約五十個氨基酸的較長的肽鏈。包含五十個以上氨基酸的多肽/肽鏈被稱為蛋白質。蛋白質由一種或多種以生物學功能基團方式排列的多肽組成，通常可結合至配體（例如輔酶和輔因子），另一種蛋白質，其他大分子（例如DNA或RNA）或更復雜的大分子裝配體。抗體（Ab），也稱為免疫球蛋白（Ig）則是主要由漿細胞產生的大的Y形蛋白質，被免疫系統用來中和病原體，例如病原細菌和病毒。

基于質譜的蛋白測序
基于質譜的抗體測序
基于質譜的多肽測序

較Edman降解法而言，質譜法測序的優點在于，質譜法更敏感，可以更快地裂解肽，可以識別末端封閉或修飾的蛋白樣品。百泰派克生物科技利用現有的高分辨率質譜技術平臺，提供以質譜為基礎的序列分析服務，可實現對所測定靶蛋白序列100%的覆蓋。

質譜測序示意圖

蛋白樣品序列分析過程一般只會使用Trypsin對蛋白進行酶切，鑒定到的肽段覆蓋率大概在60%。為了得到靶蛋白的全部序列信息，百泰派克生物科技會選用在蛋白序列分析過程中常用的6種蛋白酶（Trypsin、Chymotrypsin、Asp-N、Glu-C、Lys-C和Lys-N）分別對靶蛋白進行酶切和質譜測定，在得到碎裂肽段片段的同時，經過肽段之間的拼接完成蛋白序列100%的測定。百泰派克使用Thermo公司最新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀實現對蛋白樣品的序列分析，Obitrap Fusion Lumos質譜儀是現在分辨率和靈敏度最高的質譜儀，保證了低豐度肽段碎裂片段鑒定的靈敏度；同時在肽段碎裂過程中采取HCD與ETD結合的模式，保證肽段碎裂片段的完整性。可以實現蛋白樣品的N端，C端序列分析，蛋白全長序列分析。對未知理論序列的樣品，可通過從頭測序法進行序列分析。