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Sanger測序服務——EST測序
表達序列標簽,短的、單次(測序)閱讀的cDNA序列,也包括來自于差異顯示和RACE實驗的cDNA序列。
服務類別:測序/合成總訪問:3794
最后更新:2015-7-14半年訪問:65
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Sanger測序服務——EST測序

詳細描述:
EST(Expressed Sequence Tag)表達序列標簽是指隨機從構建的cDNA文庫中挑選克隆,并進行5'端和3'端一次性測序所獲得的短cDNA部分序列,一般長度為150~500bp。雖然EST只是完整基因的一部分,但是其序列長度已足以代表該基因,因此可以采用EST特異性地標記基因。目前,EST的數目比GenBank中其他核苷酸序列多,所以在EST 庫中更容易搜尋到新的基因,它已被廣泛地應用于基因的識別。另外,由于EST 來源于特定組織在特定環境下總mRNA所構建的cDNA文庫,因此EST也能說明該組織中各基因的表達水平。

EST測序的應用 
1. 基因表達譜分析
2. SSR標記的發掘 
3. 作為構建分子標記連鎖圖譜所用的探針
 
基本信息分析
1. 從峰圖到序列的轉化,去除低質量的序列和載體序列
2. 序列拼接
3.  EST注釋
4. ORF預測及分析
5. 基因注釋(NRNT數據庫)  
 
高級信息分析
1. 功能蛋白分析
2. Interpro功能域分析
3. 序列屬性及其對應Unigene的分析
4. COG分析
5. Pathway分析

實驗周期

EST測序實驗周期視具體測序量而定。基本生物信息分析:少于5000條為10個工作日左右,多于5000條為15個工作日左右。


提供結果 
1. 測序峰圖及序列文件
2. 生物分析報告

 

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