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PacBio、Nanopore 三代測序平臺
英文名稱:總訪問:14661
國產/進口:國產半年訪問:2061
產地/品牌:北京/諾禾致源產品類別:測序/基因分析
型       號:PacBio Nanopore 最后更新:2020-12-17
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  • 公司簡介
走近有靈魂的測序,三代測序平臺重磅升級!
測序的靈魂是什么?更快、更準、更高通量!
PacBio  與Nanopore  推出重磅升級,邀您感受有靈魂的測序!
PacBio 測序平臺
PacBio 平臺一步步發展,從早期的 RS、RS Ⅱ 平臺,到當下市場占有率最高的 Sequel 平臺,它的實力有目共睹。首先介紹更富有靈魂的PacBio 測序平臺⸺Sequel Ⅱ(圖1)。

 
圖1 Sequel Ⅱ 平臺及其兩種模式下讀長與準確度的比較
通量升級
PacBio Sequel Ⅱ 平臺在一代的基礎上,將測序芯片從 SMRT Cell 1M 升級到了 SMRT Cell 8M,用8倍數量的納米級小孔帶給你更高通量的享受,進一步降低了測序成本

CCS優化

PacBio 公 司 對 Circular Consensus  Sequencing(CCS) 模式進行了優化,平衡了 CCS 模式下的讀長和準確性, 讓我們在享受 CCS 模式帶來的 HiFi reads(高準確度reads,環形測序4圈的準確性能達到   99%,如圖2)的同時,也能體驗到長讀長帶來的優勢。
官方數據
新芯片在CCS 測序中(構建11 Kb 文庫),運行30 h,單芯片達到 Q20 的9~13 Kb 的 HiFi reads 產出約20 Gb(圖3,左);
新芯片在 Continuous Long Read Sequencing (CLR) 模式下(構建35 Kb 文庫),運行 15h,單芯片產出達到160 Gb,且有一半以上的reads 大于50 Kb(圖3,右)。
圖3 Sequel Ⅱ 兩種測序模式的數據對比
Nanopore 測序平臺
作為和 PacBio 分庭抗禮,以納米孔單分子實時測序技術為核心的Oxford Nanopore 公司,也積極準備了海量更新,意在現有超長讀長、超高通量的基礎上,重點優化測序準確度,全面升華   Nanopore   測序的“靈魂”。

納米孔升級
新版 R10 納米孔擁有兩對 Reader heads,通過兩次堿基識別的互證來達到更高的準確度,尤其在同
聚物區域的識別準確度大大增加。
 
堿基識別軟件升級
“flip-flop”軟件的堿基識別準確性較現有的軟件來說,有了不小的提升。對  R9  版本數據重新進行堿基識別,一致準確性可達到Q37。
測序模式升級
線性測序模式比較類似于 PacBio CCS 測序的概念,這種方法能夠將一條鏈的數條拷貝結合在一起,以獲得更高的一致準確度。
Nanopore 目前通量最大的平臺PromethION 48 能夠單次運行48張芯片,72 h 的最大產出能達到7 T。同時,Nanopore 測序在讀長上具有明顯優勢,實際項目中平均讀長能達到20~30 Kb,N50 長度更是能達到40~50 Kb。所以當 Nanopore 的超長讀長、超大通量兩項先天優勢,遇上軟硬件升級后的高準確性,前途不可限量!

我們的實力
諾禾動植物研究部有豐富的PacBio 及Nanopore 建庫測序項目服務經驗,已成功交付千余個項目。

PacBio 平 臺
目前我們 PacBio 平臺單芯片產出能達到20 Gb,而且插入片段長度可以達到18 Kb,Subreads N50 更是能達到25 Kb。此外,我們的PacBio 平臺也強勢推出了插入片段長度超過20 Kb、Subreads N50突破30 Kb的超長文庫,助您解決組裝難題(表1,圖4)。
 
物種 產出(Gb) 酶讀長 插入片段長度 Subreads N50
昆蟲 18.97 33028 18572 25220
水產1 17.48 33389 17774 21075
水產2 18.48 34653 17194 19373
植物1 18.44 32339 17249 20862
植物2 21.27 42824 15315 15813

表1 PacBio 下機數據展
 
Nanopore 平臺
諾禾的Nanopore 測序平臺采用的是通量最大的型號⸺PromethION,單芯片產出平均能達50     Gb,最高可超過100     Gb,而且平均 讀長可達到25 Kb以上,Read  length N50更是能超過40 Kb。此外,我們的 Nanopore 平臺也有平均讀長超40 Kb,Read  lengthN50 達到50 Kb以上的Ultra long reads 文庫,用更長的讀長助您組裝更完整的基因組(表2,圖5)。
 
物種 產出(Gb) 平均讀長 平均質量值 Read length N50 最長reads 長度及質量值
植物1 43.50 25633.0 8.2 32374 218713(7.3)
植物2 48.55 27914.1 8.9 40242 275138(9.4)
植物3 50.48 27808.9 8.1 36547 200564(7.7)
哺乳動物 47.67 26318.2 9.0 33547 234689(9.5)
水產1 56.65 29296.7 9.0 42597 263591(9.4)
水產2 53.59 27000.8 9.0 40023 353708(7.2)
圖5 Nanopore reads 長度與質量值分布
 
作為領先的基因組學產品和服務提供者,我們承諾,用科學的方案設計、領先的測序平臺、專業的信息分析及完善的售后服務來確保每一個項目環節都能出色地完成,助力您的科學研究。
 
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