走近有靈魂的測序,三代測序平臺重磅升級!
測序的靈魂是什么?更快、更準、更高通量!
PacBio 與Nanopore 推出重磅升級,邀您感受有靈魂的測序!
PacBio 測序平臺
PacBio 平臺一步步發展,從早期的 RS、RS Ⅱ 平臺,到當下市場占有率最高的 Sequel 平臺,它的實力有目共睹。首先介紹更富有靈魂的PacBio 測序平臺⸺Sequel Ⅱ(圖1)。
圖1 Sequel Ⅱ 平臺及其兩種模式下讀長與準確度的比較
通量升級
PacBio Sequel Ⅱ 平臺在一代的基礎上,將測序芯片從 SMRT Cell 1M 升級到了 SMRT Cell 8M,用8倍數量的納米級小孔帶給你更高通量的享受,進一步降低了測序成本。
CCS優化
PacBio 公 司 對 Circular Consensus Sequencing(CCS) 模式進行了優化,平衡了 CCS 模式下的讀長和準確性, 讓我們在享受 CCS 模式帶來的 HiFi reads(高準確度reads,環形測序4圈的準確性能達到 99%,如圖2)的同時,也能體驗到長讀長帶來的優勢。
官方數據
新芯片在CCS 測序中(構建11 Kb 文庫),運行30 h,單芯片達到 Q20 的9~13 Kb 的 HiFi reads 產出約20 Gb(圖3,左);
新芯片在 Continuous Long Read Sequencing (CLR) 模式下(構建35 Kb 文庫),運行 15h,單芯片產出達到160 Gb,且有一半以上的reads 大于50 Kb(圖3,右)。
圖3 Sequel Ⅱ 兩種測序模式的數據對比
Nanopore 測序平臺
作為和 PacBio 分庭抗禮,以納米孔單分子實時測序技術為核心的Oxford Nanopore 公司,也積極準備了海量更新,意在現有超長讀長、超高通量的基礎上,重點優化測序準確度,全面升華 Nanopore 測序的“靈魂”。
納米孔升級
新版 R10 納米孔擁有兩對 Reader heads,通過兩次堿基識別的互證來達到更高的準確度,尤其在同
聚物區域的識別準確度大大增加。
堿基識別軟件升級
“flip-flop”軟件的堿基識別準確性較現有的軟件來說,有了不小的提升。對 R9 版本數據重新進行堿基識別,一致準確性可達到Q37。
測序模式升級
線性測序模式比較類似于 PacBio CCS 測序的概念,這種方法能夠將一條鏈的數條拷貝結合在一起,以獲得更高的一致準確度。
Nanopore 目前通量最大的平臺PromethION 48 能夠單次運行48張芯片,72 h 的最大產出能達到7 T。同時,Nanopore 測序在讀長上具有明顯優勢,實際項目中平均讀長能達到20~30 Kb,N50 長度更是能達到40~50 Kb。所以當 Nanopore 的超長讀長、超大通量兩項先天優勢,遇上軟硬件升級后的高準確性,前途不可限量!
我們的實力
諾禾動植物研究部有豐富的PacBio 及Nanopore 建庫測序項目服務經驗,已成功交付千余個項目。
PacBio 平 臺
目前我們 PacBio 平臺單芯片產出能達到20 Gb,而且插入片段長度可以達到18 Kb,Subreads N50 更是能達到25 Kb。此外,我們的PacBio 平臺也強勢推出了插入片段長度超過20 Kb、Subreads N50突破30 Kb的超長文庫,助您解決組裝難題(表1,圖4)。
物種 |
產出(Gb) |
酶讀長 |
插入片段長度 |
Subreads N50 |
昆蟲 |
18.97 |
33028 |
18572 |
25220 |
水產1 |
17.48 |
33389 |
17774 |
21075 |
水產2 |
18.48 |
34653 |
17194 |
19373 |
植物1 |
18.44 |
32339 |
17249 |
20862 |
植物2 |
21.27 |
42824 |
15315 |
15813 |
表1 PacBio 下機數據展
Nanopore 平臺
諾禾的Nanopore 測序平臺采用的是通量最大的型號⸺PromethION,單芯片產出平均能達50 Gb,最高可超過100 Gb,而且平均 讀長可達到25 Kb以上,Read length N50更是能超過40 Kb。此外,我們的 Nanopore 平臺也有平均讀長超40 Kb,Read lengthN50 達到50 Kb以上的Ultra long reads 文庫,用更長的讀長助您組裝更完整的基因組(表2,圖5)。
物種 |
產出(Gb) |
平均讀長 |
平均質量值 |
Read length N50 |
最長reads 長度及質量值 |
植物1 |
43.50 |
25633.0 |
8.2 |
32374 |
218713(7.3) |
植物2 |
48.55 |
27914.1 |
8.9 |
40242 |
275138(9.4) |
植物3 |
50.48 |
27808.9 |
8.1 |
36547 |
200564(7.7) |
哺乳動物 |
47.67 |
26318.2 |
9.0 |
33547 |
234689(9.5) |
水產1 |
56.65 |
29296.7 |
9.0 |
42597 |
263591(9.4) |
水產2 |
53.59 |
27000.8 |
9.0 |
40023 |
353708(7.2) |
圖5 Nanopore reads 長度與質量值分布
作為領先的基因組學產品和服務提供者,我們承諾,用科學的方案設計、領先的測序平臺、專業的信息分析及完善的售后服務來確保每一個項目環節都能出色地完成,助力您的科學研究。
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北京諾禾致源科技股份有限公司于2011年3月在北京中關村生命科學園注冊成立,專注于開拓前沿分子生物學技術和高性能計算在生命科學研究和人類健康領域的應用,致力于成為全球領先的基因科技產品和服務提供者。企業總部位于北京,在天津、南京、美國、英國和新加坡設有實驗室或實驗基地,并在香港、美國和英國設有子公司,辦公面積逾40'000m
2。目前,諾禾致源現已建立一支來自海內外頂級名校、多學科交叉型的高素質綜合團隊,其中碩士及其以上學歷占比60%以上。公司建立了通量規模領先的基因測序平臺和高性能計算平臺,有效地支撐著生命科學研究和醫療健康兩大領域對大數據分析和存儲的需求。公司業務覆蓋全球6大洲超過60個國家和地區,服務客戶超過2,000家,成為基因測序科研服務領域的領先企業。諾禾致源在全球范圍內與眾多學術機構建立了廣泛的合作關系,完成多項具有國際先進水平的基因組學研究工作,截止2019年4月,諾禾致源與項目伙伴合作發表SCI文章總計429篇,累積影響因子大于2838;目前已取得軟件著作權149項,專利22項;合作伙伴遍布全球,包括超過1920家科研院所和高校、720余家醫院、1430余家醫藥和農業企業等。
作為目前國內基因測序領域的佼佼者,諾禾致源的業務覆蓋生命科學基礎科研服務、醫學研究與技術服務、建庫測序平臺服務,為全球研究型大學、科研院所、醫院、醫藥研發企業、農業企業等提供基因測序、質譜分析和生物信息技術支持等服務。
自成立以來,諾禾致源先后獲得國家高新技術企業、北京市科技研究開發機構、北京市專利試點單位、北京市企業技術中心及國家發改委基因檢測技術應用示范中心等多項資質與榮譽,并建設有北京市工程實驗室。