產品簡介:
碧云天的基因組DNA小量抽提試劑盒(Genomic DNA Mini Preparation Kit)是目前世界上最先進的基因組DNA抽提試劑盒之一?梢猿樘釀游锝M織、鼠尾、培養細胞、細菌、酵母、動物血液、昆蟲以及固定組織的包括基因組DNA在內的總DNA。一個試劑盒通過說明書中提供的不同操作方法,可以抽提除植物樣品外的幾乎所有樣品中的總DNA。
樣品首先被蛋白酶K消化,隨后加入適合DNA結合到純化柱上的緩沖液,然后加入到純化柱內。通過高速離心,使DNA在穿過純化柱的瞬間,結合到純化柱上,隨后通過兩次洗滌去除各種雜質,最后通過洗脫液把DNA洗脫下來。整個過程無需酚氯仿抽提,無需酒精沉淀,樣品裂解后僅需約15分鐘即可完成。
通過本試劑盒純化得到的基因組DNA的長度最長可達50kb左右,平均為30kb左右,最短為100bp的DNA也可以被純化。如需獲得更長的基因組DNA,對于哺乳動物樣品,包括組織或細胞等,可以使用碧云天生產的(D0061)哺乳動物基因組DNA抽提試劑盒。
通過本試劑盒獲得的總DNA,OD260/OD280的范圍通常在1.7至1.9之間。
本試劑盒可以抽提少至數百個細胞,多至25mg組織、0.5-1cm鼠尾、500萬個培養細胞、20億個細菌或5000萬個酵母。樣品用量過多,反而會影響抽提效果。如果待抽提樣品的DNA含量小于5ng,建議加入適當量的carrier DNA,例如poly-dT或其它對后續實驗沒有干擾的DNA,也可以加入適當量的carrier RNA,例如yeast RNA等,以改善抽提效果。
本試劑盒的標準操作步驟抽提得到的總DNA會含有少量RNA,但如果按照可選步驟加入RNase A,就可以獲得不含RNA的高純度總DNA。含有RNA的總DNA可以用于PCR,但對于某些其它的后續反應可能會產生一些影響。
純化柱對于DNA的最大容量約為30微克。通常每200萬Hela細胞或500萬淋巴細胞可以抽提得到15-25微克總DNA,每25mg肝、腦、腎組織可以抽提得到10-30微克總DNA,每25毫克心、肺組織可以抽提得到5-10微克總DNA,每10mg脾組織可以抽提得到5-30微克總DNA,每1.2cm小鼠尾尖或0.3cm大鼠尾尖可以獲得10-25微克總DNA。
本試劑盒可以抽提50個樣品的總DNA。
包裝清單:
產品編號 產品名稱 包裝
D0063-1 樣品裂解液A 10ml
D0063-2 樣品裂解液B 11ml
D0063-3 洗滌液I 21ml (第一次使用前加入7ml無水乙醇)
D0063-4 洗滌液II 16ml (第一次使用前加入24ml無水乙醇)
D0063-5 洗脫液 22ml
D0063-6 蛋白酶K 1.1ml
— DNA純化柱 50個
— 廢液收集管 50個
— 說明書 1份
保存條件:
蛋白酶K-20℃保存,其余均室溫保存。一年有效。蛋白酶K室溫(15-25℃)存放一周,活力無明顯下降。
注意事項:
抽提細菌、酵母樣品時還需要一些特定的試劑,詳情請參考相關實驗步驟。
如需制備不含RNA的高純度總DNA,需自備RNase A。
溫度較低時樣品裂解液A或樣品裂解液B中可能會有沉淀產生,屬正,F象。使用前必須檢查一遍。如有沉淀,55℃水浴孵育使沉淀溶解,混勻后使用。
第一次使用前洗滌液I需添加7ml無水乙醇,洗滌液II需添加24ml無水乙醇,混勻,并在瓶上做好標記。
本試劑盒需使用55℃水浴,請提前作好準備。
除特別說明外,每次Vortex應控制在5-10秒左右。
本試劑盒所有操作均在室溫進行,操作時無需冰浴。所有離心也均在室溫進行。
廢液收集管在一次抽提中需多次使用,切勿中途丟棄。
為了您的安全和健康,請穿實驗服并戴一次性手套操作。
使用說明:
1. 從動物組織中提取總DNA
a. 取不超過25mg的組織(脾不超過10mg),剪切成盡可能小的碎片,加入180微升樣品裂解液A。
請勿使用過多的樣品,過多的樣品會導致抽提效果下降。較小的組織碎片會使裂解速度加快,裂解效果提高。新鮮或凍存的組織均可,但固定過的組織請參考后續的其它步驟進行。
b. 加入20微升蛋白酶K,Vortex混勻,55℃水浴孵育至完全裂解。
在孵育期間可以偶爾取出樣品Votex以加快裂解速度。裂解的時間因組織不同而有所不同,通?稍1-3小時內完成。為方便起見,可以直接裂解過夜,裂解過夜對抽提效果無任何負面影響。組織完全裂解后可以呈粘稠狀,但不應該呈可把DNA純化柱堵住的凝膠狀。如果消化過夜仍呈凝膠狀,說明樣品用量過多,作為補救措施,可以把整個反應體系放大一倍。
c. 清除RNA(可選做)。如果希望獲得不含RNA的高純度總DNA,加入4微升100mg/ml RNase A,Vortex混勻。室溫(15-25℃)放置2分鐘。
轉錄活性水平很高的組織例如肝和腎組織,RNA含量很高,在不做清除RNA的操作步驟(步驟1.c)的情況下,會導致最后獲得的總DNA含有小部分RNA。如果殘余的少量RNA對后續實驗沒有干擾,可以不進行本步實驗操作,直接進入步驟d。
d. 最高速劇烈Vortex 15秒。加入200微升樣品裂解液B,Vortex混勻。70℃孵育10分鐘。
加入樣品裂解液B后需立即Vortex混勻。加入樣品裂解液B后可能會產生白色沉淀,但大多數情況在70℃孵育后會溶解。即使70℃孵育后仍有白色沉淀也不會干擾后續實驗。有些組織例如肺、脾,在加入樣品裂解液B后可能會形成凝膠狀物,此時需劇烈晃動或Vortex樣品,以盡量破壞凝膠狀物。
e. 加入200微升無水乙醇,Vortex混勻。
加入乙醇后必須充分混勻,否則會嚴重影響抽提效果。加入乙醇后可能產生白色沉淀,屬正,F象,后續步驟中必須把白色沉淀和溶液全部轉移到純化柱內。
f. 把步驟e中的混合物加入到DNA純化柱內。≥6000g (約≥8000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
注意:必須把沉淀全部轉移到DNA純化柱內,否則會嚴重影響抽提效果!
g. 加入500微升洗滌液I,≥6000g (約≥8000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
h. 加入600微升洗滌液II,≥18000g (約≥12000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
i. 再≥18000g (約≥12000rpm)離心1分鐘,以去除殘留的乙醇。
不可把步驟h的離心時間延長而省略本步驟。倒棄廢液后再離心可以確保充分去除殘留的乙醇。
j. 將DNA純化柱置于一潔凈的1.5ml離心管上,加入50-200微升洗脫液。室溫放置1-3分鐘。≥12000rpm離心1分鐘。所得液體即為純化得到的總DNA。
洗脫液需要直接加至純化柱管內柱面中央,使液體被純化柱吸收。如果有必要,可以使用去離子水或TE進行洗脫。使用較小體積的洗脫液可以使獲得的總DNA的濃度較高,但洗脫下來的DNA量相對較少。如果對于獲得較多量的DNA非常重要,可以在第一次用200微升洗脫液洗脫后,再用200微升洗脫液重復洗脫一次。第二次洗脫可以增加產量10-80%,特別是當第一次洗脫下來的DNA大于10微克時,第二次洗脫可以獲得第一次洗脫時50-80%的量。一次性加入多于200微升的洗脫液對洗脫效果的改善相對不太明顯。
2. 從鼠尾抽中提總DNA
a. 取0.4-0.6cm的大鼠尾尖一段,或小鼠尾尖最多兩段,加入180微升樣品裂解液A。
小鼠尾尖最長不能超過1.2cm,大鼠尾尖不能超過0.6cm。如果使用的是成年大鼠或小鼠,建議僅使用0.4-0.6cm長的尾尖。如果抽提鼠尾的DNA用于genotyping,使用0.2-0.3cm長的尾尖已經足夠。
b. 加入20微升蛋白酶K,Vortex混勻,55℃水浴孵育至完全裂解。
在孵育期間可以偶爾取出樣品Votex以加快裂解速度。并確保鼠尾浸沒在裂解液內。裂解完全通常需6-8小時。為方便起見,可以直接裂解過夜,裂解過夜對抽提效果無任何負面影響。組織完全裂解后可以呈粘稠狀,但不應該呈可把DNA純化柱堵住的凝膠狀。如果消化過夜仍呈凝膠狀,說明樣品用量過多,作為補救措施,可以把整個反應體系放大一倍。
c. 清除RNA(可選做)。如果希望獲得不含RNA的高純度總DNA,加入4微升100mg/ml RNase A,Vortex混勻。室溫(15-25℃)放置2分鐘。
鼠尾中RNA含量很低,但在不做清除RNA的操作步驟(步驟2.c)的情況下,會導致最后獲得的總DNA含有少量的RNA。如果殘余的少量RNA對后續實驗沒有干擾,可以不進行本步實驗操作,直接進入步驟d。
d. 按照等體積混合適當體積的樣品裂解液B和無水乙醇,Vortex混勻。
每一個樣品,需混合200微升樣品裂解液B和200微升無水乙醇。如果有10個樣品,則需混合2ml樣品裂解液B和2ml無水乙醇,以此類推。配制好的樣品裂解液B和無水乙醇的等體積混合液,室溫放置,3個月內有效。必須Vortex充分混勻,否則會嚴重影響抽提效果。
e. 最高速劇烈Vortex 15秒。加入400微升步驟d配制的樣品裂解液B和無水乙醇等體積混合液,劇烈Vortex混勻。70℃孵育10分鐘。
加入樣品裂解液B和無水乙醇的等體積混合液后可能會產生白色沉淀,屬正,F象,后續步驟中必須把白色沉淀和溶液全部轉移到純化柱內,沉淀不會影響抽提效果。
f. 把步驟e中的混合物加入到DNA純化柱內。≥6000g (約≥8000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
注意:必須把沉淀全部轉移到DNA純化柱內,否則會嚴重影響抽提效果!
g. 加入500微升洗滌液I,≥6000g (約≥8000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
h. 加入600微升洗滌液II,≥18000g (約≥12000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
i. 再≥18000g (約≥12000rpm)離心1分鐘,以去除殘留的乙醇。
不可把步驟h的離心時間延長而省略本步驟。倒棄廢液后再離心可以確保充分去除殘留的乙醇。
j. 將DNA純化柱置于一潔凈的1.5ml離心管上,加入50-200微升洗脫液。室溫放置1-3分鐘。≥12000rpm離心1分鐘。所得液體即為純化得到的總DNA。
洗脫液需要直接加至純化柱管內柱面中央,使液體被純化柱吸收。如果有必要,可以使用去離子水或TE進行洗脫。使用較小體積的洗脫液可以使獲得的總DNA的濃度較高,但洗脫下來的DNA量相對較少。如果對于獲得較多量的DNA非常重要,可以在第一次用200微升洗脫液洗脫后,再用200微升洗脫液重復洗脫一次。第二次洗脫可以增加產量10-80%,特別是當第一次洗脫下來的DNA大于10微克時,第二次洗脫可以獲得第一次洗脫時50-80%的量。一次性加入多于200微升的洗脫液對洗脫效果的改善相對不太明顯。
3. 從培養的動物細胞中抽提總DNA
a. 收集最多不超過500萬的細胞,離心沉淀后重懸于200微升PBS中。
PBS需自備。如果使用凍存的細胞沉淀,先把細胞沉淀解凍,并輕輕彈散,然后再加入PBS。對于基因組DNA含量較高的細胞,例如Hela細胞,應使用較少的細胞,例如100-200萬Hela細胞。
b. 清除RNA(可選做)。如果希望獲得不含RNA的高純度總DNA,加入4微升100mg/ml RNase A,Vortex混勻。室溫(15-25℃)放置2分鐘。
在不做清除RNA的操作步驟(步驟3.b)的情況下,會導致最后獲得的總DNA含有小部分RNA。如果殘余的少量RNA對后續實驗沒有干擾,可以不進行本步實驗操作,直接進入步驟c。
c. 加入20微升蛋白酶K,Vortex混勻。
d. 加入200微升樣品裂解液B,Vortex混勻。70℃孵育10分鐘。
加入樣品裂解液B后必須立即Vortex混勻。不可把蛋白酶K直接和樣品裂解液B混合。
e. 加入200微升無水乙醇,Vortex混勻。
加入乙醇后必須充分混勻,否則會嚴重影響抽提效果。加入乙醇后可能會產生白色沉淀,屬正,F象,后續步驟中必須把白色沉淀和溶液全部轉移到純化柱內。
f. 把步驟e中的混合物加入到DNA純化柱內。≥6000g (約≥8000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
注意:必須把沉淀全部轉移到DNA純化柱內,否則會嚴重影響抽提效果!
g. 加入500微升洗滌液I,≥6000g (約≥8000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
h. 加入600微升洗滌液II,≥18000g (約≥12000rpm)離心1分鐘。倒棄廢液收集管內液體。
進行本步驟前需將純化柱置于廢液收集管上。倒棄廢液后回收廢液收集管。
i. 再≥18000g (約≥12000rpm)離心1分鐘,以去除殘留的乙醇。
不可把步驟h的離心時間延長而省略本步驟。倒棄廢液后再離心可以確保充分去除殘留的乙醇。
j. 將DNA純化柱置于一潔凈的1.5ml離心管上,加入50-200微升洗脫液。室溫放置1-3分鐘。≥12000rpm離心1分鐘。所得液體即為純化得到的總DNA。
洗脫液需要直接加至純化柱管內柱面中央,使液體被純化柱吸收。如果有必要,可以使用去離子水或TE進行洗脫。使用較小體積的洗脫液可以使獲得的總DNA的濃度較高,但洗脫下來的DNA量相對較少。如果對于獲得較多量的DNA非常重要,可以在第一次用200微升洗脫液洗脫后,再用200微升洗脫液重復洗脫一次。第二次洗脫可以增加產量10-80%,特別是當第一次洗脫下來的DNA大于10微克時,第二次洗脫可以獲得第一次洗脫時50-80%的量。一次性加入多于200微升的洗脫液對洗脫效果的改善相對不太明顯。
4. 從動物血液中抽提總DNA
本操作方法也適用于血沉棕黃層(buffy coat)和骨髓(bone marrow)的總DNA抽提。
a. 取50-100微升紅細胞無細胞核的血,或5-10微升活細胞有細胞核的血。
人、猴、牛、兔、大鼠、小鼠等的紅細胞無細胞核,鳥、魚、蛙等的紅細胞有細胞核。紅細胞有細胞核會導致相同體積的血液內DNA的含量非常高。
b. 加入20微升蛋白酶K。
c. 加入PBS至總體積為220微升,Vortex混勻。
d. 加入200微升樣品裂解液B,Vortex混勻。70℃孵育10分鐘。
e. 轉步驟3.e。后續步驟同“從培養的動物細胞中抽提總DNA”3.e起的步驟。
5. 從石蠟包埋的組織樣品中抽提總DNA
由于包埋的組織通常已經被固定,通常僅能獲得長度小于650bp的DNA。乙醇或甲醛固定的石蠟包埋組織樣品相對比較適合DNA的抽提,而有交聯作用的固定試劑(例如鋨酸)固定的組織則不適合用于抽提DNA。需自備二甲苯。
a. 取一塊小于25mg的包埋塊,加入1.2ml二甲苯,劇烈Vortex,以充分脫臘。
b. 臺式離心機最高速(12000-14000rpm)室溫離心5分鐘,棄上清。
注意,去除上清的時候要非常小心,不要把沉淀丟失了。
c. 加入1.2ml無水乙醇,輕輕Vortex混勻,以去除殘留的二甲苯。
d. 臺式離心機最高速(12000-14000rpm)室溫離心5分鐘,棄上清。
注意,去除上清的時候要非常小心,不要把沉淀丟失了。
e. 重復步驟c和d一次,即再用乙醇洗滌樣品一次。
f. 棄上清后再最高速離心1分鐘,用20微升槍小心吸除殘留的液體。
g. 室溫放置數分鐘至乙醇全部揮發。
h. 加入180微升樣品裂解液A。
i. 轉步驟1.b,后續步驟同“從動物組織中提取總DNA”1.b起的步驟。
6. 從甲醛固定的組織中抽提總DNA
由于組織已經被固定,通常僅能獲得長度小于650bp的DNA。甲醛或乙醇固定的組織樣品相對比較適合DNA的抽提,而有交聯作用的固定試劑(例如鋨酸)固定的組織則不適合用于抽提DNA。乙醇固定的組織可以參考甲醛固定的組織的抽提方法進行總DNA的抽提。
a. 取不超過25mg的組織,用PBS洗滌兩次,以充分去除固定液。
b. 去除PBS,轉步驟1.a,后續步驟同“從動物組織中提取總DNA”1.a起的步驟。
7. 從革蘭氏陰性菌中抽提總DNA
a. 離心收集最多不超過20億個細菌,棄上清。
b. 加入180微升樣品裂解液A,充分重懸細菌。
c. 轉步驟1.b,后續步驟同“從動物組織中提取總DNA”1.b起的步驟。
8. 從革蘭氏陽性菌中抽提總DNA
需自備溶菌酶,并配制溶菌酶溶液:20mM Tris,pH8.0,2mM EDTA,1.2% Triton X-100,20mg/ml溶菌酶。溶菌酶在臨使用前加入。
a. 離心收集最多不超過20億個細菌,棄上清。
b. 用180微升溶菌酶溶液充分重懸細菌。
c. 37℃孵育30分鐘以裂解細菌。
d. 加入20微升蛋白酶K,Vortex混勻。
e. 加入200微升樣品裂解液B,Vortex混勻。
不可把蛋白酶K直接加入到樣品裂解液B中。
f. 70℃孵育30分鐘。
g. 轉步驟1.e,后續步驟同“從動物組織中提取總DNA”1.e起的步驟。
9. 從酵母中抽提總DNA
需自備用于裂解酵母的酶lyticase,并配制酵母裂解液:1M 山梨糖醇(sorbitol),100mM EDTA,14mM 2-巰基乙醇。
a. 離心收集最多不超過50萬個酵母,棄上清。
b. 用600微升上述酵母裂解液重懸,加入200U lyticase,30℃孵育30分鐘。
注意:裂解的時間會隨酵母的種類不同而有所不同,詳細情況請參考lyticase的說明書。
c. 300g離心10分鐘收集沉淀,棄上清。
d. 沉淀用180微升樣品裂解液A重懸。
e. 轉步驟1.b,后續步驟同“從動物組織中提取總DNA”1.b起的步驟。
10. 從昆蟲中抽提總DNA
a.用液氮冷凍后研碎處理:
a1. 取最多不超過50mg昆蟲(例如果蠅),液氮冷凍后研碎,轉移至1.5ml離心管中。
a2. 加入180微升樣品裂解液A。
a3. 轉步驟1.b,后續步驟同“從動物組織中提取總DNA”1.b起的步驟。
b. 用勻漿器勻漿處理:
b1. 取最多不超過50mg昆蟲(例如果蠅)。
b2. 加入180微升PBS,用電動勻漿器或玻璃勻漿器勻漿。
b3. 轉步驟3.b,后續步驟同“從培養的動物細胞中抽提總DNA”3.b起的步驟。
11. 從其它樣品中抽提總DNA
對于某些樣品需使用特定的裂解液裂解,可以參考如下方法進行總DNA的抽提。
a. 樣品用200微升特定的裂解液裂解。裂解需確保呈溶液狀態,如果有不溶物需通過離心沉淀去除。
b. 加入20微升蛋白酶K。
c. 加入200微升樣品裂解液B,立即Vortex混勻。
d. 70℃孵育10分鐘。
檢查整個溶液的pH值,確保pH值小于7.0,否則DNA結合到純化柱的效率會很低。
e. 轉步驟1.e,后續步驟同“從動物組織中提取總DNA”1.e起的步驟。
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碧云天由在哈佛大學工作和學習的留學人員創辦于2001年。20余年來專注于自主研發和生產。2007年成立上海碧云天生物技術有限公司,為國家級專精特新“小巨人”企業,并進一步入選第二批第一年建議支持的國家級專精特新“小巨人”企業,也是上海市科技小巨人企業、G60科創走廊一類重點扶持企業、上海市高新技術企業和上海市專精特新中小企業。江蘇碧云天為江蘇省高新技術企業,南通市雙創優企。公司主要研發生產生物、醫學研究用試劑、試劑盒、消耗品和儀器設備,同時提供生命科學研究的技術服務和一站式實驗儀器設備采購平臺。公司核心團隊由來自美國哈佛大學、NIH、香港大學、中國科學院等國內外著名大學和科研機構的高水平科研人員及諾華、默克等頂尖醫藥企業的管理人員組成。2016年1人獲國務院政府特殊津貼,2人入選“松江區優秀人才”;2019年1人入選國家百千萬人才工程,1人入選上海市領軍人才,6人獲G60科創走廊優秀人才獎勵,3人入選長三角G60科創走廊科技精英,3人入選上海市松江區拔尖人才培養計劃。2019年碧云天榮獲江蘇省雙創人才創業類第一名,2020年碧云天團隊榮獲江蘇省雙創團隊創業類最高資助。2020年1人榮獲上海市五四青年獎章,多人獲G60科創走廊優秀人才獎勵。2021年2人次入選國家級領軍人才,2022年1人次入選國家級創新人才。截止2022年12月,已有累計超過150000篇注明使用碧云天產品的研究論文發表在包括Cell、Nature、Science等國際高水平學術期刊。Beyotime品牌年度文獻引用率國內領先,并躋身全球20強。碧云天將繼續致力于科研用技術和產品的研發,用我們最頂尖的技術、最成熟的產品、最熱情的服務,服務生命科學,造福人民健康!