單個(gè)蛋白質(zhì)身份鑒定是生物化學(xué)領(lǐng)域常見(jiàn)的問(wèn)題，目前有兩大方法論：Edman降解法和質(zhì)譜法。質(zhì)譜法又細(xì)分為兩類：MALDI-TOF和LC-MS/MS，LC-MS/MS是主流文獻(xiàn)中常用的方法，具有更高的靈敏度和幾乎100%的可靠性，且具有MALDI-TOF不可比擬的從單一蛋白質(zhì)膠帶中準(zhǔn)確鑒定出多個(gè)蛋白質(zhì)組分的能力。

  武漢金開(kāi)瑞采用AB SCIEX的5600-plus質(zhì)譜平臺(tái)，可提供蛋白膠點(diǎn)、膠條鑒定，蛋白N-端測(cè)序，蛋白C-端測(cè)序，蛋白翻譯后修飾位點(diǎn)鑒定，蛋白復(fù)合體鑒定技術(shù)服務(wù)。

一、蛋白膠點(diǎn)、膠條鑒定

  蛋白膠點(diǎn)、膠條鑒定是目前使用最廣泛的蛋白質(zhì)組學(xué)研究手段，用雙向電泳(Two-dimensional gel electrophoresis，2-DE)和聚丙烯酰胺凝膠電泳（SDS-PAGE，Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis）分離蛋白質(zhì)混合物，收集目的蛋白質(zhì)膠點(diǎn)和膠條，經(jīng)膠內(nèi)酶解后用于質(zhì)譜分析以獲得蛋白質(zhì)信息。

　　金開(kāi)瑞采用MS/MS技術(shù)進(jìn)行蛋白膠點(diǎn)、膠條鑒定，并對(duì)膠內(nèi)酶解法進(jìn)行系列優(yōu)化，顯著提高了蛋白質(zhì)膠內(nèi)酶解的質(zhì)譜鑒定成功率和肽段覆蓋率。

二、蛋白N-端測(cè)序

  幾乎所有的蛋白合成都起始于N-端，蛋白質(zhì)N-端的序列組成對(duì)其的生物學(xué)功能有著巨大的影響力，對(duì)蛋白進(jìn)行N-端測(cè)序分析，有助于分析蛋白質(zhì)的高級(jí)結(jié)構(gòu)，揭示蛋白質(zhì)的生物學(xué)功能。

　　N-端測(cè)序一般采用Edman 降解法和質(zhì)譜法，但Edman不能解決N-端封閉肽的測(cè)序問(wèn)題。金開(kāi)瑞采用先進(jìn)的LC-MS/MS技術(shù)進(jìn)行N-端測(cè)序，可以測(cè)出封閉和修飾的蛋白質(zhì)末端，所需樣品量少、速度快。

三、蛋白C-端測(cè)序

  C-端序列是蛋白質(zhì)和多肽的重要結(jié)構(gòu)與功能部位，對(duì)蛋白質(zhì)的生物功能甚至起到?jīng)Q定性作用。隨著蛋白質(zhì)組學(xué)研究的不斷深入， C-端測(cè)序?qū)Φ鞍踪|(zhì)功能研究發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用。對(duì)于蛋白生物制品來(lái)說(shuō)，C-端測(cè)序必不可少，隨著蛋白質(zhì)組學(xué)研究的不斷深入，蛋白質(zhì)C-端測(cè)序?qū)ζ涔δ苎芯繉�發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。

　　金開(kāi)瑞采用串聯(lián)質(zhì)譜法進(jìn)行蛋白質(zhì)C-端測(cè)序，將蛋白質(zhì)經(jīng)胰酶等酶切后，直接用串聯(lián)質(zhì)譜測(cè)定酶切肽段的混合物，然后通過(guò)一級(jí)質(zhì)譜選擇C-端肽段離子進(jìn)行二級(jí)質(zhì)譜碎裂，得到C-端序列，所需樣品量少、速度快。

四、蛋白翻譯后修飾位點(diǎn)鑒定

  蛋白質(zhì)翻譯后修飾（PTMs）幾乎參與了細(xì)胞所有正常生命活動(dòng)的過(guò)程，并發(fā)揮十分重要的調(diào)控作用。蛋白質(zhì)修飾位點(diǎn)能夠影響蛋白的多種屬性，包括蛋白質(zhì)折疊、活性以及最終的功能，對(duì)于蛋白質(zhì)修飾位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)及研究對(duì)闡明蛋白質(zhì)的功能具有重要作用。

　 金開(kāi)瑞采用超高分辨率質(zhì)譜技術(shù)結(jié)合生物信息學(xué)分析，提供磷酸化、乙酰化、泛素化、甲基化、糖基化等蛋白翻譯后修飾位點(diǎn)鑒定技術(shù)服務(wù)。

五、蛋白復(fù)合體鑒定

  蛋白質(zhì)很少單獨(dú)發(fā)揮作用，在所有生物功能中，蛋白復(fù)合體的功能占主導(dǎo)地位。在所有細(xì)胞中，蛋白質(zhì)是最重要的組成部分，并且在大多數(shù)細(xì)胞功能中蛋白質(zhì)間的相互作用是最基本的活動(dòng)

　 SWATH定量方法確定蛋白復(fù)合體的成分是SWATH定量方法最常用的應(yīng)用之一。

  金開(kāi)瑞借助高精度質(zhì)譜平臺(tái)，開(kāi)發(fā)了一套從實(shí)驗(yàn)到生物信息分析的AP-SWATH流程，采用TAP技術(shù)將目標(biāo)靶蛋白的相互作用蛋白特異性富集，然后結(jié)合具有高靈敏度、高準(zhǔn)確度、高通量等特點(diǎn)的SWATH定量技術(shù)，能夠高特異性的準(zhǔn)確富集到靶蛋白的特異性相互作用蛋白，實(shí)現(xiàn)蛋白復(fù)合體的準(zhǔn)確鑒定。

1.服務(wù)特色

技術(shù)特點(diǎn)

1.1、金開(kāi)瑞是國(guó)內(nèi)家提供SWATH定量蛋白質(zhì)組技術(shù)服務(wù)的公司；

1.2、采用AP-SWATH技術(shù)，不需要過(guò)多的背景知識(shí)就可以得到大量含靶蛋白的復(fù)合體；

1.3、蛋白表達(dá)及與復(fù)合物的結(jié)合都接近生理水平；

1.4、采用兩步親和純化，大大提高了純化產(chǎn)物的特異性。

適用范圍

TAP更傾向于高豐度和穩(wěn)定的相互作用，許多低親和力、瞬時(shí)和依賴特殊細(xì)胞環(huán)境的相互作用可能檢測(cè)不到，

特別適用于研究蛋白質(zhì)在生理?xiàng)l件下的相互作用，

一次實(shí)驗(yàn)只能檢測(cè)一個(gè)蛋白的相互作用蛋白。

2.服務(wù)說(shuō)明

服務(wù)流程

接受訂單及樣品——親和純化產(chǎn)物——LC-MS/MS——數(shù)據(jù)解析——蛋白復(fù)合體確認(rèn)——結(jié)果交付——客戶提供

需鑒定的樣品（膠粒/條帶、液體、干粉）；

樣品信息單；需詳細(xì)填寫樣品來(lái)源、含量、狀態(tài)及其他基本信息

最終交付

實(shí)驗(yàn)報(bào)告一份，含具體實(shí)驗(yàn)流程及蛋白復(fù)合體鑒定結(jié)果（生物信息學(xué)分析）。

生物信息學(xué)分析內(nèi)容包括：

①、根據(jù)參考譜圖庫(kù)解析SWATH譜圖，鑒定肽段、蛋白，結(jié)果可靠性評(píng)估；

②、根據(jù)碎片離子的XICs進(jìn)行相對(duì)定量，差異表達(dá)分析；

③、對(duì)鑒定到蛋白GO功能注釋、Pathway代謝通路注釋；

④、差異表達(dá)蛋白GO、Pathway功能富集分析；

⑤、主成分分析（PCA），發(fā)現(xiàn)差異蛋白質(zhì)或者復(fù)合體成員。

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