基于小片段文庫的低深度測序數據,通過K-mer分析,從而有效的評估基因組大小、GC含量、雜合度以及重復序列含量等信息
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基因組Survey基于小片段文庫的低深度測序數據,通過K-mer分析,從而有效的評估基因組大小、GC含量、雜合度以及重復序列含量等信息,是全面了解某一物種基因組特征的有效方法,
為后續的全基因組de novo 測序組裝策略的制定提供理論依據。
基于K-mer分析,可快速確定基因組特征,該方法已廣泛應用于評估基因組基本特征。
從材料選取,建庫測序,到數據分析,每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。
分析內容=標準分析+高級分析。
通過K-mer分析,預估物種基因組大小,并對物種基因組,重復序列情況進行分析。對基因組進行初步組裝,進行GC含量和外源污染分析。同時,基于初步組裝的版本,可以進行SSR標記開發和同源注釋。
基因組Survey | 分析內容 |
標準分析 | 基因組大小評估 |
雜合度評估 | |
重復率評估 | |
初步組裝 | |
GC含量評估 | |
高級分析 | SSR標記開發 |
同源注釋 |
測序深度為50X,基于小片段數據,通過K-mer分析可以有效評估基因組大小、GC含量、雜合度以及重復序列含量等信息,除此之外還可以對數據進行初步組裝、SSR標記的開發以及同源注釋。
基因組Survey采用先進的Illumina測序平臺,快速、高效地讀取高質量的測序數據。
諾禾致源高性能計算平臺(High Performance Computing,HPC)采用DELL計算節點和Isilon存儲的高效組合,實現快速穩定的測序數據分析及交付。隨著公司業務的發展,高性能計算平臺將會持續更新并擴容,以保證高效的數據處理和安全的數據存儲。
諾禾致源已經成功對鳥類、哺乳動物、水產動物、經濟作物、蘭科植物、中草藥等進行基因組特征評估,結合豐富的項目經驗,專業的項目方案指導和分析流程,保證快速、準確的評估基因組特征。