在不依賴參考基因組的情況下對某物種進(jìn)行基因組測序及拼接組裝,從而繪制該物種的全基因組序列圖譜。
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基因組從頭測序(De novo sequencing)
在不依賴參考基因組的情況下對某物種進(jìn)行基因組測序及拼接組裝,從而繪制該物種的全基因組序列圖譜。基因組測序不僅可以獲得該物種的全基因組序列圖譜,同時(shí)也為后續(xù)物種起源進(jìn)化及特定環(huán)境適應(yīng)性的研究奠定了基礎(chǔ)。根據(jù)基因組的復(fù)雜程度,基因組可分為簡單基因組和復(fù)雜基因組。
簡單基因組 | 復(fù)雜基因組 | |
重復(fù)序列比例 | <50% | >50% |
雜合率 | <0.5% | >0.5% |
從材料選取,建庫測序,到數(shù)據(jù)分析,每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。
簡單基因組de novo 測序 | 復(fù)雜基因組de novo 測序 | |
純二代 |
基于頂尖組裝水平,簡單或復(fù)雜基因組高質(zhì)量組裝 |
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文庫類型 |
小片段文庫:250 bp/450 bp |
小片段文庫:250 bp/350 bp/450 bp |
樣本要求 |
DNA總量>400ug |
DNA總量>400ug |
測序策略與深度 |
HiSeq PE150 100× |
HiSeq PE150 200× |
承諾指標(biāo) |
哺乳動(dòng)物和鳥類基因組:contig N50≥40 Kb |
contig N50≥20 Kb |
組裝策略(推薦) |
二代、三代混合拼接 |
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測序策略與深度 |
二代小片段(100×)+三代(40×)+10X Genomics |
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承諾指標(biāo) |
contig N50≥500 Kb |
contig N50≥200 Kb |
全三代拼接 |
全三代結(jié)合新技術(shù),組裝水平達(dá)到新高度 |
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測序策略與深度 |
三代(80×)+10x Genomics/BioNano/ChiCago |
三代(100×)+10X Genomics/BioNano/ChiCago |
承諾指標(biāo) |
contig N50≥1 Mb |
contig N50≥500 Kb |
基因組序列是研究物種分子生物學(xué)的基礎(chǔ),通過全基因組de novo測序,可得到物種全基因組序列圖譜,通過比較基因組學(xué)分析可對物種進(jìn)行基因家族分析,系統(tǒng)進(jìn)化分析,正選擇分析和共線性分析。
De novo 測序 | 分析內(nèi)容 | |
組裝 | 組裝策略 組裝結(jié)果評(píng)估 |
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注釋 | 重復(fù)序列注釋 基因結(jié)構(gòu)注釋 基因功能注釋 非編碼RNA注釋 |
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生物學(xué)分析 | 比較基因組學(xué)分析 | 基因家族分析 系統(tǒng)進(jìn)化分析 正選擇分析 共線性分析 |
個(gè)性化分析 | 針對物種自身特點(diǎn) 制定分析方案 |
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有參考基因組de novo 測序 | 特有基因檢測 | |
變異檢測 |
從基因組組裝軟件SOAPdenovo、SOAPdenovoⅡ到NOVOheter,從比對軟件SOAP、SOAP2到SOAP3,從二代組裝、二加三混合拼接到全三代組裝,針對不同的基因組特征,采取不同的策略,致力于得到最優(yōu)的組裝結(jié)果。因?yàn)閷Wⅲ詫I(yè),諾禾致源始終引領(lǐng)著基因組學(xué)的發(fā)展。
基因組De novo 測序采用先進(jìn)的Illumina測序平臺(tái),快速、高效地讀取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)(High Performance Computing,HPC)采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合,實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展,高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容,以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。
諾禾致源的基因組合作項(xiàng)目遍布全球各地,引領(lǐng)基因組研究潮流。
截至2017年12月,發(fā)表高水平基因組文章8篇,其中2篇為封面文章。研究涉及鳥類、哺乳動(dòng)物、水產(chǎn)生物、珍稀動(dòng)物、昆蟲、栽培作物、水果植物、藥用植物、藻類、林木類、灌木類等諸多物種。
“科學(xué)的方案設(shè)計(jì),嚴(yán)格的質(zhì)控管理,專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì),豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”,
確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都能出色完成,助力科學(xué)研究。