基于Illumina測(cè)序平臺(tái),通過RNA-seq技術(shù)手段研究物種進(jìn)化,通過不同物種或亞種間mRNA序列差異進(jìn)而分析近源物種間的親緣關(guān)系,挖掘明顯受到正向選擇或負(fù)向選擇的基因
|
||||||||||||||||||
[發(fā)表評(píng)論] [本類其他服務(wù)] [本類其他服務(wù)商] |
服務(wù)商: 北京諾禾致源科技股份有限公司 | 查看該公司所有服務(wù) >> |
比較轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于Illumina測(cè)序平臺(tái),通過RNA-seq技術(shù)手段研究物種進(jìn)化,通過不同物種或亞種間mRNA序列差異進(jìn)而分析近源物種間的親緣關(guān)系,挖掘明顯受到正向選擇或負(fù)向選擇的基因。泛轉(zhuǎn)錄組測(cè)序不僅能分析比較轉(zhuǎn)錄組的內(nèi)容,同時(shí)還可以構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),挖掘關(guān)鍵基因模塊。
比較轉(zhuǎn)錄組與泛轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是一種快速、全面解析不同品系、不同亞種進(jìn)化關(guān)系及特定組織表達(dá)情況的生物學(xué)方法,以期從序列水平和基因表達(dá)水平發(fā)掘物種進(jìn)化歷程。 具有“高效、基因定位準(zhǔn)、超值”的優(yōu)勢(shì),已廣泛應(yīng)用于水稻、擬南芥、番茄等物種的進(jìn)化研究。
從材料選取,建庫測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析,每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。
諾禾致源比較轉(zhuǎn)錄組與泛轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,通過對(duì)樣本的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行單獨(dú)拼接,篩選直系同源基因,研究進(jìn)化關(guān)系,挖掘主效基因集。
了解更多>>分析內(nèi)容 |
轉(zhuǎn)錄本拼接 |
直系同源基因查找 |
直系同源基因Ka/Ks分析 |
PCA分析 |
系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建 |
表達(dá)水平進(jìn)化分析(泛轉(zhuǎn)錄組特有) |
共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)模塊構(gòu)建(泛轉(zhuǎn)錄組特有) |
比較轉(zhuǎn)錄組與泛轉(zhuǎn)錄組采用先進(jìn)的Illumina測(cè)序平臺(tái),快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)(High Performance Computing,HPC)采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合,實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展,高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容,以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。
至2015年12月,諾禾致源已經(jīng)成功對(duì)番茄、苧麻、裂腹魚、蛙、沙拐棗、枸杞、核桃、黃岑等30多個(gè)物種進(jìn)行比較轉(zhuǎn)錄組或泛轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,已在Plant Molecular Biology等權(quán)威期刊發(fā)表多篇研究成果。
“科學(xué)的方案設(shè)計(jì),嚴(yán)格的質(zhì)控管理,專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì),豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”,
確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都能出色完成,助力科學(xué)研究。