通過基因組測(cè)序和組裝獲得細(xì)菌全基因組序列,并對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能研究的方法
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細(xì)菌基因組研究,是通過基因組測(cè)序和組裝獲得細(xì)菌全基因組序列,并對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能研究的方法。依據(jù)研究目標(biāo)所需精細(xì)程度的不同,我們提供了細(xì)菌框架圖、精細(xì)圖和完成圖三種不同的解決方案。通過對(duì)這些細(xì)菌測(cè)序研究,我們可以更好地了解和掌控菌株的生理過程,讓細(xì)菌更好地為我們所用。
從材料選取,建庫(kù)測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析,每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。多平臺(tái)的選擇,不同精細(xì)程度的細(xì)菌基因組測(cè)序方案,適用不同研究背景,為您量身定制最適宜的細(xì)菌基因組解決方案。
產(chǎn)品 | 測(cè)序平臺(tái) | 測(cè)序策略 | 組裝指標(biāo) | 適用范圍 | 項(xiàng)目周期 |
細(xì)菌框架圖 | Illumina PE150 | 350 bp文庫(kù) ≥ 100 X | 無 | 大規(guī)模測(cè)序 快速掃描 |
30個(gè)自然日 |
細(xì)菌精細(xì)圖 | Illumina PE150 | 350 bp文庫(kù) ≥100X 6 Kbp文庫(kù) ≥100X |
≤30 scaffolds | 中等規(guī)模測(cè)序 適度精細(xì) |
45個(gè)自然日 |
細(xì)菌完成圖 | PacBio | 10 Kb SMRT 文庫(kù) ≥50 X | 1 contig 0 Gap |
少量菌株測(cè)序 精確到位 |
60個(gè)自然日 |
分析內(nèi)容=標(biāo)準(zhǔn)分析+高級(jí)分析。
不同精細(xì)程度的細(xì)菌基因組信息分析,解密細(xì)菌的發(fā)展歷程,探究其潛在價(jià)值。
基因組組裝 | 基因組組裝及結(jié)果評(píng)估 | 組裝獲得高質(zhì)量的基因組序列 |
基因組結(jié)構(gòu)研究 | 編碼/非編碼基因預(yù)測(cè) | 預(yù)測(cè)編碼/非編碼基因信息 |
重復(fù)序列分析 | 分析基因組重復(fù)序列結(jié)構(gòu) | |
基因島預(yù)測(cè) | 預(yù)測(cè)基因組內(nèi)基因島結(jié)構(gòu) | |
前噬菌體預(yù)測(cè) | 預(yù)測(cè)基因組前噬菌體序列 | |
CRISPR 預(yù)測(cè) | 對(duì)基因組進(jìn)行 CRISPR 預(yù)測(cè) | |
基因基本功能注釋 | 常見功能數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 (NR、GO、COG、KEGG、SwissProt、Pfam、TCDB、CAZy) |
通過常見權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)解釋編碼基因功能 |
全基因組功能圈圖展示(精細(xì)圖/完成圖) | 全面總覽基因組組分情況 | |
基因組甲基化修飾分析(完成圖) | 總覽基因組甲基化修飾情況 | |
菌株致病相關(guān)研究 | 分泌系統(tǒng)效應(yīng)蛋白、病原與宿主互作、分泌蛋白、次級(jí)代謝產(chǎn)物基因簇 | 從胞外分泌、宿主互作等機(jī)制解釋菌株致病性 |
細(xì)菌致病菌毒力因子和耐藥基因注釋(VFDB、 ARDB、CARD ) | 毒力因子及致病性相關(guān)基因 |
不論是個(gè)體深入變異解析,還是群體進(jìn)化歷史解讀,我們都有完備的解決方案,為您解決關(guān)心的生物學(xué)問題。
研究目標(biāo) | 應(yīng)用技術(shù) | 解決問題 |
個(gè)體深入變異解析 | 基因組間共線性分析 | 基因組一對(duì)一共線性比較尋找基因組間同源序列 |
基因組間變異檢測(cè) | 以共線性區(qū)域?yàn)榛A(chǔ)全面解析基因組間變異信息 | |
群體進(jìn)化歷史解讀 | Core-pan基因解析 | 構(gòu)建Core-pan基因集合單拷貝基因用于進(jìn)化分析 |
進(jìn)化樹構(gòu)建、ANI、cgMLST | 構(gòu)建菌株間進(jìn)化關(guān)系解析菌株起源傳播規(guī)律 |
細(xì)菌基因組測(cè)序采用先進(jìn)的Illumina、PacBio測(cè)序平臺(tái),快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)(High Performance Computing,HPC)采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合,實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展,高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容,以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。
諾禾致源微生物客戶遍布全球,截止2017年12月,已發(fā)表20余篇微生物文章,細(xì)菌基因組完成樣品數(shù)超過20000個(gè),項(xiàng)目合作領(lǐng)域涵蓋了動(dòng)植物致病菌、工業(yè)菌、益生菌、環(huán)境菌株等廣泛領(lǐng)域。
“科學(xué)的方案設(shè)計(jì),嚴(yán)格的質(zhì)控管理,專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì),豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”
確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都能出色完成,助力科學(xué)研究。