將重亞硫酸鹽處理方法和Illumina高通量測序平臺相結(jié)合,對有參考基因組的物種在全基因組水平進(jìn)行高精準(zhǔn)甲基化研究
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全基因組DNA甲基化測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是將重亞硫酸鹽處理方法和Illumina高通量測序平臺相結(jié)合,對有參考基因組的物種在全基因組水平進(jìn)行高精準(zhǔn)甲基化研究。WGBS可以達(dá)到單堿基分辨率,精確分析每一個胞嘧啶的甲基化狀態(tài),從而構(gòu)建精細(xì)的全基因組DNA甲基化圖譜。
基于全基因組重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的WGBS法,實(shí)現(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點(diǎn)精準(zhǔn)、高效定位。
精準(zhǔn)獲得全基因組甲基化的C位點(diǎn),是甲基化測序的金標(biāo)準(zhǔn);全面分析不同處理對全基因組甲基化水平的影響,快速準(zhǔn)確地找到差異甲基化區(qū)域。具有“高效、精準(zhǔn)、超值”的優(yōu)勢,已廣泛應(yīng)用于人和動植物研究。
從材料選取,建庫測序,到數(shù)據(jù)分析,每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。
諾禾致源的WGBS是基于全基因組水平,實(shí)現(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點(diǎn)精準(zhǔn)定位,快速準(zhǔn)確地找到差異位點(diǎn),實(shí)現(xiàn)高效分析DMR及相關(guān)基因的功能分析。
WGBS | 分析內(nèi)容 | 解決問題 |
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 | 過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
甲基化位點(diǎn)calling | 分析甲基化位點(diǎn) | |
甲基化分布 | 甲基化在基因組,染色體,功能元件上的分布 | |
差異甲基化分析 | 尋找DMR | |
相關(guān)基因分析 | 相關(guān)基因GO,KEGG富集分析 | |
多樣本分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規(guī)律 |
全基因組甲基化測序采用先進(jìn)的Illumina測序平臺,快速、高效地讀取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(High Performance Computing,HPC)采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲的高效組合,實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展,高性能計(jì)算平臺將會持續(xù)更新并擴(kuò)容,以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲。
諾禾致源已經(jīng)成功完成對豬,大豆,食蟹猴,小鼠,揚(yáng)子鱷,牛,渦蟲,牡蠣,
擬南芥,水稻,楊樹,白菜,藍(lán)細(xì)菌等近百個物種進(jìn)行全基因組甲基化測序分析,
助力客戶在Genome Biology等權(quán)威雜志發(fā)表多篇高水平文章。
“科學(xué)的方案設(shè)計(jì),嚴(yán)格的質(zhì)控管理,專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì),豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”,
確保每一個環(huán)節(jié)都能出色完成,助力科學(xué)研究。