研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況,以RNA免疫共沉淀(RIP)為基礎(chǔ),采用特異抗體對(duì)RNA結(jié)合蛋白或者特殊修飾的RNA進(jìn)行免疫共沉淀后,分離RNA,通過(guò)Illumina測(cè)序
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RIP-seq是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況,以RNA免疫共沉淀(RIP)為基礎(chǔ),采用特異抗體對(duì)RNA結(jié)合蛋白或者特殊修飾的RNA進(jìn)行免疫共沉淀后,分離RNA,通過(guò)Illumina測(cè)序,在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究被特定蛋白特異結(jié)合的RNA區(qū)域或種類,且可比較多個(gè)樣品間差異。
采用卓越的RIP-seq技術(shù),結(jié)合高性價(jià)比的測(cè)序數(shù)據(jù)和信息分析,在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)對(duì)蛋白結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行篩選與鑒定,系統(tǒng)、全面、精準(zhǔn)挖掘結(jié)合位點(diǎn),深度解析目標(biāo)RNA種類以及其與蛋白的相互作用。
從材料選取,建庫(kù)測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析,每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。
諾禾致源RIP-seq測(cè)序項(xiàng)目,通過(guò)對(duì)IP下來(lái)的合格RNA樣本,建庫(kù)測(cè)序,獲得高質(zhì)量reads,根據(jù)SCC曲線判斷IP效果,通過(guò)motif分析判斷IP的特異性以及分析的可信性,高效預(yù)測(cè)相關(guān)基因,進(jìn)行功能富集分析、預(yù)測(cè)特異蛋白的功能,以及特異蛋白結(jié)合的RNA種類。
了解更多>>分析內(nèi)容 | 解決問(wèn)題 |
測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
與參考基因組比對(duì) | scc分析,判斷IP效果 |
peak峰calling | 分析蛋白結(jié)合位點(diǎn) |
樣品間相關(guān)性分析 | 判斷實(shí)驗(yàn)分組設(shè)計(jì)是否合理 |
motif分析 | 蛋白結(jié)合序列的偏好性 |
peak峰相關(guān)基因注釋 | 尋找蛋白潛在調(diào)控或者結(jié)合的基因 |
差異peak分析 | 分析不同樣本間差異peak峰 |
相關(guān)基因功能分析 | 相關(guān)基因GO,KEGG富集分析 |
RIP-seq采用先進(jìn)的Illumina測(cè)序平臺(tái),快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)(High Performance Computing,HPC)采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合,實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展,高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容,以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。
至2015年12月,諾禾致源已經(jīng)成功對(duì)牛、鼠、豬、人,
擬南芥等20多種哺乳動(dòng)物和模式植物進(jìn)行RIP測(cè)序分析,根據(jù)客戶研究的特殊性,
訂制個(gè)性化實(shí)驗(yàn)方案,協(xié)助客戶完成大量基于NCS的個(gè)性化分析。
“科學(xué)的方案設(shè)計(jì),嚴(yán)格的質(zhì)控管理,專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì),豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”,
確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都能出色完成,助力出色的科學(xué)研究。