,北京諾禾致源科技股份有限公司 ">
對具有參考序列(Reference Sequence)的不同個體,采用WGS方法進行全基因組測序,經生物信息分析,在全基因組范圍內發生的SNPs和InDels進行精確分析。
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基于成熟的生物信息分析人才,專業的項目分析,可以根據客戶不同要求分析個性化內容,在全集因組范圍內對編輯位點和脫靶位點,進行精確的定位分析,并且針對于感興趣片段進行準確定位。
從建庫測序,到數據分析,每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。
1、客戶需要提供給我們參考基因組序列信息;
2、編輯物種,編輯類型;
3、sgRNA序列信息;
4、編輯基因序列信息或插入片段序列。
脫靶檢測 | 分析內容 |
基因敲除 | 基本信息分析部分 1.原始序列信息 2.測序數據質量評估 3.將原始序列與參考基因組進行比對分析,統計覆蓋度,檢測SNP/InDel 4.sg RNA 同源的序列區域進行篩選 篩選全部基因組區域內所有 sgRNA 同源區域,并根據同源分數進行排序 高級信息分析 5.sgRNA 同源區域脫靶檢測 編輯前后樣本序列信息比較,SNP、InDel進行分析,并且對 sgRNA 上下游100bp序列,做進一步分析,避免錯失突變位點序列 6.PAM區掃描潛在脫靶位點 在 sgRNA 同源區域中,篩選 PAM區 NGG結構,例如 AGG,TGG,CGG,GGG,對 PAM區發生的SNP,InDel 情況進行統計 |
基因插入 | 基本分析 1. 數 據質控:去除含接頭和低質量的數據 2. 與 參考基因組進行比對 3.統計測序深度及覆蓋度 4. SNP/InDel 變異結果檢測 高級分析 5.將插入序列mapping 到參考基因組中,確定插入具體位置 6.對插入位置或上下游基因進行功能注釋 7.分析插入類型,雜合插入,純合插入或者脫靶 8.分析同源序列插入情況 |