實時熒光定量PCR技術(shù)是在普通PCR反應(yīng)體系中加入熒光試劑,利用熒光信號實時檢測PCR進程,最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。實時熒光定量PCR能夠?qū)R、靈敏、快速、高重復(fù)性地精確定量起始模板濃度。tRF & tiRNA是由tRNA切割產(chǎn)生,長度約15-45個核苷酸的小RNA。由于tRF & tiRNA長度太短,且與tRNA序列完全重疊,不能通過傳統(tǒng)的實時定量PCR進行檢測。本公司通過在tRF & tiRNA兩端引入人工合成序列(adaptor),設(shè)計特殊的跨連接位點的定量PCR引物,可以精確檢測微量樣品中tRF & tiRNA表達水平。
康成生物為您提供tRF & tiRNA實時定量PCR技術(shù)服務(wù),您只需要提供保存完好的組織或細胞標本,本公司專業(yè)的技術(shù)服務(wù)人員就可替您完成tRF & tiRNA實時定量PCR實驗操作和數(shù)據(jù)分析,提供給您完整的實驗報告,為您節(jié)省大量的時間和精力。 |

圖1. 雙端接頭法保證了tRF & tiRNA PCR產(chǎn)物的高特異性。
康成生物tRF & tiRNA實時定量PCR技術(shù)服務(wù)流程
1. 引物設(shè)計、合成
設(shè)計并合成目的tRF & tiRNA的特異性PCR引物。
2. 樣品RNA抽提
a. 若實驗對象為組織樣品,取適量(50-100mg)新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品,加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),勻漿后抽提RNA。
b. 若實驗對象為細胞樣品,每份樣品取1×10
6~1×10
7細胞,完全吸去培養(yǎng)液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
3. RNA質(zhì)量檢測
a.紫外吸收測定法測定RNA在波長260nm和280nm的吸收值,獲得RNA的濃度并通過A260/280及A260/230的吸收比值判斷RNA的純度。
b.甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。
注:用于tRF & tiRNA實時定量PCR檢測的RNA樣品,必須高純度、完整,沒有RNase 污染(降解的樣品不能用于實時定量PCR檢測),同時提取方法必須保證所得樣品包含完整的小RNA部分。
4.RNA預(yù)處理(可選)
使用rtStar™ tRF&tiRNA Pretreatment Kit (Cat# AS-FS-005, Arraystar)進行預(yù)處理,去除3’氨;┒伺c3‘環(huán)磷酸末端,磷酸化5’羥基末端,并移去m1A, m3C等多種甲基化修飾。
注:tRNA上存在大量的轉(zhuǎn)錄后修飾,而且tRNA需與氨基酸形成氨酰基tRNA方可參與蛋白翻譯。當tRNAs被切割為tRFs&tiRNAs時,這些修飾(包括甲基化修飾、氨;┒诵揎棧⿻炕虿糠值谋A粝聛怼tiRNAs常由RNA內(nèi)切酶Angiogenin切割產(chǎn)生,這類內(nèi)切酶會在切割位點產(chǎn)生5‘羥基(5’-OH)末端與3’環(huán)磷酸(3‘-cP)末端。然而,5’端與3‘端的接頭連接步驟,需要底物小RNA 5’端為磷酸,3‘端為羥基。此外,某些tRFs&tiRNAs的內(nèi)部修飾比如m1A, m1G與m3C會嚴重阻礙反轉(zhuǎn)錄過程。因此為了準確檢測tRFs&tiRNAs,這些修飾必須被有效的去除。
4. 逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA
使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (Cat# AS-FS-003, Arraystar) 試劑盒進行接頭連接和反轉(zhuǎn),合成cDNA第一鏈。
5. 實時定量PCR
以合成的cDNA作為模板進行實時定量PCR擴增,梯度稀釋的標準同時進行實時定量PCR擴增,根據(jù)Ct值制備標準曲線。以同樣的方法測定每個樣品中的內(nèi)參,校正上樣誤差。
6. 分析結(jié)果、提供實驗報告
分析實時定量PCR結(jié)果,根據(jù)標準曲線定量樣品中的目的tRF & tiRNA。提供實驗報告,包括詳細的實驗方法,實時定量PCR實驗數(shù)據(jù)和圖表。

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上海康成生物工程有限公司自2002年起專注于生物科研技術(shù)服務(wù),是國內(nèi)最早一批專業(yè)提供生命科學(xué)前沿研究技術(shù)服務(wù)的高科技企業(yè)。為進一步拓展在醫(yī)學(xué)科研服務(wù)領(lǐng)域業(yè)務(wù)的深度和廣度,向多譜領(lǐng)域發(fā)展,重塑品牌 Aksomics(數(shù)譜生物)。Aksomics全面整合公司在非編碼RNA(lncRNA、circRNA、small RNA等)、表觀遺傳學(xué)、蛋白組學(xué)等檢測方向的核心技術(shù),依靠自身優(yōu)秀的研發(fā)、技術(shù)、營銷和服務(wù)團隊,憑借國際領(lǐng)先的技術(shù)平臺和高標準的質(zhì)控體系,形成了涵蓋表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)等各個研究領(lǐng)域的一站式技術(shù)平臺。
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