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SNP 檢測----HRM技術
HRM技術是一種低成本、高通量、快速,且不受位點局限的檢測方法,是SNP篩查的最佳選擇。
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最后更新:2010-9-30半年訪問:31
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單核苷酸多態性(SNP)-HRM檢測服務

 

單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),即指由于單個核苷酸堿基的改變,包括置換、顛換、缺失和插入,而導致的核酸序列的多態性。在不同個體的同一條染色體或同一位點的核苷酸序列中,絕大多數核苷酸序列一致而只有一個堿基不同的現象,這就是SNP。 

絕大多數疾病的發生與環境因素和遺傳因素的綜合作用有關,通常認為是在個體具有遺傳易感性的基礎上,環境有害因素作用而導致疾病。不同群體和個體對疾病的易感性、抵抗性以及其他生物學性狀(如對藥物的反應性等)有差別,其遺傳學基礎是人類基因組DNA 序列的變異性,其中最常見的是SNP。易感基因的特點是基因的變異本身并不直接導致疾病的發生,而只造成機體患病的潛在危險性增加,一旦外界有害因素介入,即可導致疾病發生。另外在藥物治療中,易感基因的變異造成藥物對機體的療效和副作用不同。由于SNP在人類基因組中數量較多,發生頻率較高,因此被認為是繼微衛星之后的新一代遺傳學標記,在醫學遺傳學、藥物遺傳學、疾病遺傳學、疾病診斷學、以及人類進化等研究領域都有著很高的研究價值和應用前景。

SNP相關研究方法有:

研究方法優點缺點

直接測序法SNP分析的金標準,能發現已知和未知SNP位點每個位點均需要經PCR擴增,然后測序,成本較高,工作量大,周期特別長,價格昂貴,不適合大樣本做疾病關聯分析,且容易交叉污染。

Taqman探針法(定量PCR)適合已知SNP位點、位點數量少、通量高的檢測價格昂貴(探針合成費用高),不能同時發現未知SNP位點

非探針的普通PCR方法技術簡便,價格便宜,僅適用已知SNP判斷,不能確定何種SNP,適宜少量樣本的實驗室檢測費時費力,速度較慢,靈敏度差;RFLP僅能檢測有酶切位點的 SNP,無酶切位點不能檢測;上述方法都需要凝膠電泳,DNA鏈二級結構容易造成人工假相,使結果出現偏差。SSCP、DGGE花費時間長、穩定性差、靈敏度有限,難以大規模開展工作。

芯片技術與傳統的儀器檢測方法相比具有高通量、微型化、自動化、防污染等特點僅適用于全基因組SNP掃描,不適宜單個基因的SNP位點檢測,精度低,價格昂貴。

Illumina 技術這種方案可以幫助研究人員在得益于起始樣品量要求很低優點的同時,還能夠檢測多個感興趣的區域,從而檢出罕見的基因突變。高通量SNP檢測,用于SNP在全基因組上的掃描分析,價格昂貴。

MALDI-TOF MS質譜技術檢測速度快,理論上能分開單個堿基變化這種純物理檢測易受到樣本因素的多種干擾,精確度難以保證。這種方法適宜于已經優化的特定SNP檢測,不適宜該服務商未做過或很少做過的新SNP檢測。檢測過程需要多點質控,否則精確度很低。另外,很重要的一點是這個檢測PCR過程和質譜過程是分開的,PCR需要自己做,并不便宜。

基于羅氏LightCyclerTM 480的HRM技術高通量、簡單、快速、省錢、高靈敏度;閉管檢測,避免污染造成的假陽性;擴增區內已知和未知SNP都能檢測;靈敏度和精確度達到近100;HRM分析和PCR是在同時進行,無需另外儀器,相比MS等減少了額外儀器,無疑成本更低,非特異性和精確度更好。須用羅氏LightCyclerTM 480 PCR儀等儀器。

從以上幾類方法的特點可以看出,相對使用成本較低、通量較大的方法大都局限于已知、特定位點,可如果既要對已知位點分析又要查找未知位點,那么相對的方法較少,且成本高或操作繁復。而HRM技術是一種低成本、高通量、快速,且不受位點局限的檢測方法,相信會是您的最佳選擇。

SNP-HRM檢測技術原理:

在一定的溫度范圍內將PCR擴增的產物進行變性,期間實時檢測體系內熒光信號。熒光值隨著溫度變化,可繪制溶解曲線。每一段DNA都有其獨特的序列,因而也就有了獨特的熔解曲線形狀,如同DNA指紋圖譜一樣,具有很高的特異性、穩定性和重復性。根據曲線準確區分野生型純合子、雜合子和突變性純合子.

SNP檢測----HRM技術 - HRM - HRM的博客SNP檢測----HRM技術 - HRM - HRM的博客

HRM高分辨率熔解曲線示意圖

不同的基因型表現為不同的HRM熔解曲線形狀

 

我們的服務:

l 免費的項目咨詢

l 客戶提供樣本DNA的分離、純化(可有為真公司代為提取)

l 根據客戶提供相關信息進行引物設計、方案設計

l 處理DNA并運用HRM技術獲得特異溶解曲線

l 結果分析,出具實驗報告,為臨床用藥提供依據

蘇州為真生物在SNP位點分析和研究方面積累了豐富的經驗,擁有開展SNP研究的先進儀器設備,具有自己獨到的研究策略和方法,能有效挖掘資源,能為你高效快速的進行SNP分型。

 

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